rclone unc

骨化性纤维增生症（通常称为石人症）是罕见突变的结果，这种突变是某些称为激酶的酶刺激蛋白质合成的异常方式。 患有石人症候群的人具有过度活跃的激酶，该激酶催化的骨骼生成超出其应有的水平。 人体的自然修复机制会发生故障，它们会用坚固的骨沉积物代替软组织。 关节冻结。 身体变成了监狱。

但是科学家知道他们可以操纵这些激酶来抵抗这种疾病。 北卡罗莱纳大学的化学生物学家正在领导一个开放源代码的工作，以揭示激酶活性的秘密，他们说这些秘密可以开创新一代药物发现的先河。

激酶是生物化学创新的丰硕成果，因为它们涉及各种生物过程。 但这是问题所在：人类基因组中指定了大约500种激酶 ，其中400种仍是科学之谜。 黑匣子的数量惊人地多，尤其是考虑到科学家们认为激酶研究可以深入了解许多困难的医学问题，包括癌症的发展和治疗，这一事实令人震惊。

蒂姆·威尔森 （ Tim Willson）和比尔 ·祖尔彻 （ Bill Zuercher）承认，绘制所有500种激酶的任务非常艰巨。 这就是为什么他们公开采购它的原因。

威尔森说：“这就像在探索和开放西方。” “每个人都怀疑那里有有趣的东西，但是直到有人出去那里绘制地图，人们才不知道在哪里建造铁路或新的定居点。开拓者们必须为所有人的利益而去探索，并将这些知识带回给大家分享。”

Willson和Zuercher是结构基因组学联盟 （SGC）的成员，该联盟由致力于了解人类基因组复杂性（包括激酶活性）的科学家组成。 SCG-UNC希望与全球其他五家学术机构一起，率先以开源方式引领药物创新。

威尔森说：“现实是，这是一项艰巨的任务。” “我们认为可以做到的唯一方法是通过社区的努力。”

威尔森和祖尔彻说，对400多个尚未被研究的激酶进行定位，对于任何从事相对隔离研究的科学家来说都是一项非凡的努力。 通过共享他们的数据，他们希望加快流程。

“现在，每个人都只是彼此独立地工作，”威尔森解释说。 “我们正在尝试为这些激酶添加注释。如果我们可以自由共享所有注释，它将为研究人员彼此合作以及对某些疾病感兴趣的基金会创造机会，以了解研究人员在做什么。希望就是我们可以将各个部分放在一起，这样，与每个人都只是编写个人赠款提案相比，我们社区的产出就会更多。”

开源激酶数据至少以两种方式起作用。 在科学家将激酶暴露于某些“化学探针”后 ，他们释放了这些相互作用的结果，以便其他人可以确认它们。 但是他们也自己发布了这些探针的具体构成，希望制药公司可以利用这些数据来构建更有针对性，更有效的激酶操纵子。

由于SGC决定不进行专利发现，其结果是一种基因组共享。

Zuercher说：“通过对激酶的了解，我们正在扩大竞争前的领域，这样，任何想成为制药公司，生物技术公司的人都可以利用这些知识。”

Willson将工作比作开源软件生产，特别是正在进行的维护Linux内核的工作。

他说：“我们需要一个社区来建立激酶在生物学中的作用图。” “它必须是社区生成的地图，以获取丰富和详细的信息，我们需要将其中的某些激酶转移到药物设施中。但是，我们只是在做源代码。直到有人将源代码放到那里并且使所有人都可以使用，人们将无需进行任何修改。”

威尔森和祖尔彻说，多年来，科学家一直对激酶活性感兴趣，特别是自从十多年前成功绘制人类基因组图谱以来，但他们的发展步伐令人沮丧。 资助机构更愿意支持建立在经过测试和验证的结果之上的项目，而不是支持声称研究未知数的研究。

“十多年来，我们已经知道人们拥有500多种激酶，而且人们知道他们是药物发现的丰富靶标，”威尔森说，“但每个人仍在研究在作图之前的大约50种激酶常规方法是，如果您想资助激酶的研究，则必须撰写一份资助计划，然后根据您对该激酶的了解来对该建议进行评估。”

Zuercher称这种情况为“一个恶性循环，使我们一直望着路灯”，详细了解了已经发现的事实，而不是发现新事物。

他说：“如果我们想摆脱这个圈子，我们必须做一些根本不同的事情。” “意料之外的联系是科学的真正动力。因此，我们正在尝试通过提供通用工具来创造一个有利于那些意料之外的联系的环境。”

这就是为什么激酶研究的开源方法如此重要的原因，Willson和Zuercher说：新发现需要进行研究的新策略。

祖切尔说：“我们正在努力改变解决这一问题的方式。” “这必须由社区来做。我们只能为此创造环境。您永远都无法控制社区。但是，您如何帮助社区解决这个问题呢？”

对他们而言，威尔森和祖尔彻为他们可能的基因组共享做出了巨大贡献。 例如，在葛兰素史克（GlaxoSmithKline）工作期间，他们释放了300多种激酶抑制剂， 并在探针上公开了化学结构和激酶数据 。 根据威尔森的说法，他们的数据集是历史上最大的公共域激酶数据集，并且是唯一使社区能够使用探针进行他人研究的数据集。

挑战依然存在，但是这些挑战不一定是科学的。 相反，威尔森和祖尔彻说，挑战是基础设施。

威尔森说：“我们对基本的科学基础设施有很好的把握-如何进行探测，如何产生激酶数据。” “但是我们正在试图弄清楚如何进行通信的基础设施。我们如何共享信息？如何捕获信息？这是下一个难题。”

Willson和Zuercher说，这就是开源软件社区受到启发的地方。 这些社区是在全球范围内有效协调行动的模型，可用于协作解决任何人或团队都无法希望独自解决的问题。

Zuercher说：“机会错失。潜力错失。这就是让我们彻夜难眠的原因。” “这就是为什么我们真正提倡我们提出的这种开放系统的原因。”

破解激酶问题需要破解社区问题。 但是，如果他们能做到这一点，威尔森和祖尔彻说，结果可能是宏伟的。

Zuercher说：“这就是使我们前进的动力-我们可以产生的潜在影响。” “我们知道这400个左右的激酶中埋藏着黄金。我们只需要寻找它。我们认为这是做到这一点的最佳方法-真正让社区参与进来。”

翻译自: https://opensource.com/life/15/8/unc-scientists-open-source-way-forward

rclone unc