写在前面——在学习RNA-seq时，需要从网上下载公开数据集来上手分析，大部分教程都很古老，其中在ncbi中ftp的下载链接已经不存在了，甚至可以直接下载fastq文件。但是，直接下载的fastq文件做fastqc之后结果为一条直线，因为文件里的测序质量都是30，要想下载带正常质量数据的文件需要换一种方法。

RNA实战：http://www.bio-info-trainee.com/2218.html

sra数据如何寻找：

查找对应的GSE：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177
可以直接复制链接，然后在对应的文章中找到GSE号，把链接中的GSE修改一下即可。

SRA Run Selector：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=PRJNA217298&o=acc_s%3Aa
点击进入之后，可以找到我们做RAN-seq的数据，这些数据一般都比较大。点击Run这一列的名字，即可跳转到对应的下载界面。

sra数据如何下载（例如SRR957678）：

方法一：

直接下载对应的SRR957678.fastq.gz

存在的问题：测序质量均为？，fastqc结果为一条直线

方法二：需要在Linux中使用

使用aspera：https://www.jianshu.com/p/fed19a8821eb
注意：安装aspera不能在root账户下，需要新建一个用户。
使用sratoolkit：https://www.jianshu.com/p/d1abdced8bcd
1. vdb-config --interactive：https://www.jianshu.com/p/88b2852d4573、

conda install sra-tools# 如果下载完之后无法使用prefetch，可能需要更新一下sra-tools
conda update sra-tools

安装完sratoolkit可以直接使用prefetch进行下载，速度挺快的

prefetch SRR957678

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RNA-seq——快速下载SRA数据、解决fq文件中测序质量全为 ‘?‘ 的问题

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sra数据如何下载（例如SRR957678）：

方法一：

方法二：需要在Linux中使用

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