aspera下载sra文件linux,Aspera Connect，高速下载sra数据

一、下载安装Aspera Connect

Linux系统下的Aspera Connect安装(Windows下的Aspera Connect安装参考)。

查看最新版本的Aspera - High-speed file transfer software - aspera connect https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list

mkdir biotools && cd biotools

wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz &

tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh #安装

cd # 去根目录

ls -a # 如果看到.aspera文件夹，代表安装成功

echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

ascp --help #ok

二、下载sra数据

Aspera用法如下：

ascp [参数] 目标文件保存路径

-v verbose mode 实时知道程序在干啥

-T 取消加密，否则有时候数据下载不了

-i 提供私钥文件的地址

-l 设置最大传输速度，一般200m到500m，如果不设置，反而速度会比较低，可能有个较低的默认值

-k 断点续传，一般设置为值1

-Q 一般加上它

-P 提供SSH port，端口一般是33001

SRA数据库下载：首先记住，数据的存放地址是ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1

一般来说，NCBI的sra文件前面的地址都是一样的~/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk，那么写脚本批量下载也就不难了！

ascp -QT -l 500m -P33001 -K1 -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR157/009/SRR1577019 /media/yt/Elements/m.sex_RNAseq/data

批量下载SRA文件，ascp命令提供参数--file-list，用于批量下载SRA文件。

建立SRA文件路径列表文件sra_list.txt

/vol1/srr/SRR157/001/SRR1577021

/vol1/srr/SRR157/002/SRR1577022

ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -l 200m --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list ~/sra/sra_list.txt ~/sra/

aspera下载sra文件linux,Aspera Connect，高速下载sra数据相关推荐

aspera下载sra文件linux,使用aspera下载.fastq.gz和.sra数据
aspera SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存高通 ...
ENFI下载器：1元20G高速下载流量，首次使用送3G
ENFI下载器:1元20G高速下载流量,首次使用送3G 近日,百度网盘针对网友所提出的非会员限速问题做出了回应:给非会员限速只是为了活下去. 针对百度满满求生欲的回答,网友们都表示理解,但是龟速的下载 ...
vs 2008 下载 VS2008简体中文正式版迅雷高速下载 Visual Studio 2008 Team
vs 2008 下载 VS2008简体中文正式版迅雷高速下载 Visual Studio 2008 Team Suite VS2008简体中文正式版迅雷高速下载 Visual Studio 2008 ...
[转]vs 2008 下载 VS2008简体中文正式版迅雷高速下载
vs 2008 下载 VS2008简体中文正式版迅雷高速下载 Visual Studio 2008 Team Suite VS2008简体中文正式版迅雷高速下载 Visual Studio 2008 ...
vue下载大文件时浏览器不显示下载进度
vue下载大文件时浏览器不显示下载进度问题描述最近开发中遇到个问题,项目需要下载大文件(音视频),由于后端给我的是视频的地址而不是直接返回流,所以前端用了XMLHttpRequest获取视频流并实 ...
批量下载sra文件linux,Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法
Minus_yao 2018.04.25 yaoguocai_cool@163.com #从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据,试着解决一下这个问题~ 方法一: 软件准备: 使用n ...
批量下载sra文件linux,NCBI下载SRA数据的4种方法
作为生命科学的从事者,不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search database,一个综合性的生 ...
Linux里sra文件是什么,prefetch命令下载SRA文件
除了利用ascp命令从NCBI下载SRA文件外,SRAtoolkit也提供了prefetch命令用于下载SRA文件. prefetch命令用法如下: Usage: prefetch [options] ...
linux禁止ftp下载文件,Linux命令之sz - 下载文件，无需ftp/sftp
用途说明 sz命令是利用ZModem协议来从Linux服务器传送文件到本地,一次可以传送一个或多个文件.相对应的从本地上传文件到Linux服务器,可以使用rz命令.参见<我使用过的Linux命令 ...

aspera下载sra文件linux,Aspera Connect，高速下载sra数据

aspera下载sra文件linux,Aspera Connect，高速下载sra数据相关推荐

最新文章

热门文章