MPB:浙大王谦组-菌酶一体化重组酵母工程菌的设计与构建
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菌酶一体化重组酵母工程菌的设计与构建
Design and Construction of Recombinant Yeast with
Surface-displayed Enzymes
王谦*,王佳堃,高德英
奶业科学研究所,动物科学学院,浙江大学,杭州,浙江
*通讯作者邮箱: emirate14@zju.edu.cn
摘要:实验原理:外源蛋白通过酿酒酵母α凝集素展示在细胞表面。α凝集素包含核心亚基AGA1及结合亚基AGA2。AGA1与酵母细胞壁β-葡聚糖共价连接,并通过两个二硫键与AGA2的N端共价相连。外源蛋白与AGA2的C端融合,从而实现外源蛋白在酿酒酵母细胞的表面展示。实验目的:通过AGA1和AGA2将外源蛋白固定在酵母细胞表面,获得菌酶一体化的微生物细胞反应器。
关键词:α凝集素,外源蛋白,表面展示,酿酒酵母
材料与试剂
1.盖玻片 (上海生工公司, catalog number: F518117)
2.载玻片 (上海生工公司, catalog number: F518110)
3.FALCON流式上样管 (BD, catalog number: 352003)
4.离心管
5.各种型号枪头
6.酵母提取物 (BBI Life Sciences, catalog number: A610961)
7.胰蛋白胨 (BBI Life Sciences, catalog number: A650217)
8.NaCl (BBI Life Sciences, catalog number: A610476)
9.琼脂粉Agar (上海生工公司, catalog number: A505255)
10.琼脂糖Agarose M (上海生工公司, catalog number: A610013)
11.pfu DNA聚合酶 (上海生工公司, catalog number: B500014)
12.PCR产物纯化试剂盒 (上海生工公司, catalog number: B518141)
13.DNA Marker: GeneRulerTM 100 by Plus DNA Ladder (Thermo ScientificTM, catalog number: SM0323)
14.限制性核酸内切酶 (Thermo ScientificTM, 中国)
15.TreliefTM SoSoo Cloning Kit (SoSoo, catalog number: TSV-S2)
16.Taq DNA聚合酶 (上海生工公司, catalog number: B500010)
17.质粒提取试剂盒Plasmid Mini Kit I (OMEGA, catalog number: D6943-02)
18.酿酒酵母EBY100 (杭州余杭紫耕生物科技服务部)
19.pYD1质粒 (Invitrogen, catalog number: V835-01)
20.ProteinFind® Anti-V5 Mouse Monoclonal Antibody (TransGen Biotech, catalog number: HT401-01)
21.FITC-conjugated Rabbit anti-mouse IgG (BBI Life Sciences, catalog number: D110101)
22.氨苄青霉素ampicillin,Amp (BBI Life Sciences, catalog number: A610028)
23.D-(+)-葡萄糖 (BBI Life Sciences, catalog number: A610219)
24.D-(+)-半乳糖galactose,Gal (BBI Life Sciences, catalog number: A600215)
25.酪蛋白水解物casaminoacid (BBI Life Sciences, catalog number: A603060)
26.无氮基础培养基yeast nitrogen base, without amino acids (上海生工公司, catalog number: A610507)
27.L-亮氨酸leucine,Leu (BBI Life Sciences, catalog number: A100811)
28.醋酸锂粉末 (国药, catalog number: 30109760)
29.Tris (上海生工公司, catalog number: A610195)
30.PEG2000 (BBI Life Sciences, catalog number: A601785)
31.EDTA (BBI Life Sciences, catalog number: A610185)
32.LB (Luria-Bertani) 液体培养基 (见溶液配方)
33.0.5 mol/L EDTA (见溶液配方)
34.50× TAE (tris base-acetic acid-EDTA) 母液 (见溶液配方)
35.1× PBS (phosphate-buffer-saline) 缓冲液 (pH 7.4) (见溶液配方)
36.1 mol/L LiAc (见溶液配方)
37.10 mg/mL Leu (见溶液配方)
38.10× TE (Tris-EDTA) Buffer (见溶液配方)
39.50% PEG2000 (见溶液配方)
40.TE/LiAc Buffer (见溶液配方)
41.40% PEG2000 (见溶液配方)
42.10× D (dextrose) (见溶液配方)
43.YNB (yeast nitrogen base, without amino acids) 缺陷培养基 (见溶液配方)
44.YNB-CAA (yeast nitrogen base-casamino acid) 培养基(见溶液配方)
45.YPD (yeast extract-peptone-dextrose) (见溶液配方)
46.10× Gal (galactose) (见溶液配方)
仪器设备
1.PCR仪 (Eppendorf, model: Mastercycler Pros)
2.核酸电泳仪 (北京市六一仪器厂, model: DYY-12)
3.凝胶成像仪 (Bio-Rad, Hercules, model: USAGel DocTM EZ)
4.空气恒温摇床 (宁波科技园区新江南仪器有限公司, model: KYC-100B)
5.生化培养箱 (宁波东南仪器有限公司, model: LRH-50)
6.紫外分光光度计 (上海美普达仪器有限公司, model: UV-3200)
7.离心机 (Eppendorf, model: Centrifuge MiniSpin)
8.荧光显微镜 (Lecia, model: DFC450 C)
9.流式细胞仪 (BD, model: FACSVerse)
实验步骤
一、重组pYD1表达载体的构建
1.PCR扩增木聚糖基因orf6-un
以目标基因为模板,分别用上游引物Primer-F:5' ACGATAAGGTACCAGGATCCGATTTTTGTCAAACTGCC 3'和下游引物Primer-R:5' CCCTCTAGACTCGAGCGCCCCCTCGATATAGAC 3'进行PCR扩增,PCR反应体系 (表1)[1]。
表1. PCR反应体系
Table 1. PCR reaction mixture
10× PCR Buffer (with 15 mmol/L Mg2+) |
5 μl |
dNTP (10 mmol/L each) |
1 μl |
Primer-F (10 μmol/L) |
2 μl |
Primer-R (10 μmol/L) |
2 μl |
Template |
5~10 ng |
Pfu DNA polymerase (5 U/μl) |
1 μl |
加ddH2O至 |
50 μl |
将PCR扩增产物与6× DNA上样缓冲液以1:5的比例混合均匀,取混合液3 μl上样于1.0%琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物。设置电压为120 V,进行约30 min电泳后,将凝胶置于凝胶成像系统,使用Image Lab v.5.2.1 (Bio-Rad, Hercules, CA, USA) 观察图像并拍照(图1)。使用PCR产物纯化试剂盒,按照其说明书方法纯化回收PCR扩增产物。
图1 PCR扩增orf6-un基因
Fig. 1 PCR amplification of orf6-un gene
泳道1-2, orf6-un基因; M, Marker
2.双酶切目的基因和载体
使用限制性内切酶分别双酶切载体和基因,酶切体系 (表2),置于37 °C恒温培养1-2 h,使用产物纯化试剂盒回收酶切产物。
表2. 酶切体系
Table 2. Enzyme digestion reaction
基因/载体 |
1 μg |
10× Buffer |
5 μl |
Enzyme I (10 U/μl) |
1 μl |
Enzyme II (10 U/μl) |
1 μl |
加ddH2O至 |
50 μl |
3.目标基因与载体连接
利用同源重组的原理,通过TreliefTM SoSoo Cloning Kit同源重组试剂盒将目的基因定向克隆到线性化载体pYD1中,反应体系如表3所示。目标基因与表达载体摩尔比约为5:1,50 °C反应30 min。
表3. 同源重组体系
Table 3. Homologous recombination reaction
纯化回收后的PCR产物(120ng/μl) |
3 μl |
线性化载体(80ng/μl) |
1 μl |
2× SoSoo Mix |
5 μl |
灭菌ddH2O |
1 μl |
总计 |
10 μl |
4.重组质粒的转化
4.1将10 μl连接产物与50 μl大肠杆菌TOP10F’感受态细胞小心混匀后,冰浴10~15 min;
4.2将离心管置于42 °C水浴热激60 s,立即取出冰浴2~3 min;
4.3向离心管中加入500 μl 37 °C预热的灭菌LB液体培养基 (不含抗生素),混匀后置于37 °C摇床150 rpm恒温培养45 min,使质粒上相关的抗性标记基因表达,菌体复苏;
4.4吸取100 μl已转化后的细胞,涂布于具有抗性筛选的LB固体培养基中。将平板置于室温直至液体被吸收,倒置平板37 °C恒温培养12~16 h;
4.5挑取菌斑进行PCR鉴定,将筛选出的阳性转化子送公司测序。
二、酿酒酵母感受态制备
1.挑取酿酒酵母EBY100单菌落于5 ml含Amp的YPD液体培养基,30 °C,200 rpm培养过夜;
2.取新鲜种子液100 μl接种于含10 ml YPD液体培养基的摇瓶中,30 °C,200 rpm培养至OD600为0.4~0.6;
3.4 °C,3,000 rpm,离心5 min,回收菌体;
4.倒去上清液,用2 ml灭菌ddH2O反复洗涤两次,4 °C,3,000 rpm,离心5 min;
5.倒去上清液,用1 ml的TE/LiAc buffer重悬沉淀;
6.倒去上清液,用200 μl的TE/LiAc buffer重悬沉淀,每管分装50 μl,即为酵母感受态。
三、LiAc转化法
1.向50 μl酵母感受态细胞中加入5 μl重组质粒 (1~1.5 μg)混合均匀,30 °C保温30 min,每间隔10 min混匀一次;
2.每管加入1 ml 40% PEG2000,重悬沉淀,30 °C保温1 h;
3.42 °C水浴中热激15 min;
4.4 °C,12,000 rpm,离心1 min,去上清;
5.每管加入1 ml YPD液体培养基,30 °C保温2 h;
6.取转化产物100 μl涂布于含亮氨酸的YNB固体缺陷培养基上,待液体被吸收将平板倒置,30 °C培养2~3 d。
四、支架蛋白的表面展示
1.支架蛋白的表达
挑取单菌落于5 ml YNB-CAA液体培养基,30 °C培养12~24 h。按5%的接种量将新鲜种子液接种于50 ml YNB-CAA液体培养基中,30 °C恒温培养12~24 h至OD600为1~1.5。3,500 rpm,4 °C离心5 min收集菌体,使用灭菌ddH2O清洗两次。加入75 ml YNB-CAA液体培养基重悬菌体,并加入终浓度为2%的半乳糖,25 °C诱导48 h后,取上清液和菌体用于后续分析。
2.免疫荧光分析
将诱导后新鲜的酵母细胞(EBY100/orf6-un)稀释至OD600 = 0.5,设置EBY100为阴性对照。取酵母细胞体积500 μl加入V5标记的鼠抗1 μl,16 °C杂交1 h,1× PBS缓冲液反复清洗5次。加入500 μl的1×PBS缓冲液重悬沉淀,加入2.5 μl FITC标记的IgG兔抗鼠,16 °C避光杂交1 h,1× PBS缓冲液反复清洗5次后。1 ml 1× PBS缓冲液重悬沉淀,置于荧光显微镜下观察拍照(图2)。
图2 免疫荧光分析木聚糖酶ORF6-UN表面展示
Fig. 2 Immunofluorescence microscopy analysis of surface-displayed xylanase ORF6-UN
A, C: 表面展示细胞EBY100/orf6-un; B, D:阴性对照 EBY100
3.流式细胞术分析
参照免疫荧光抗体杂交的方法进行抗体杂交,细胞终浓度控制在~106 cell/ml。取300 μl稀释好的带有FITC抗体的酵母细胞于流式上样管中,在激发波长488 nm及发射波长535 nm的条件下,分析荧光细胞的比例。同时设置EBY100为阴性对照[2]。
溶液配方
1.LB液体培养基
称取酵母提取物 (yeast extract) 2.5 g
胰蛋白胨 (tryptone) 5.0 g
NaCl 5.0 g
加500 ml ddH2O溶解,121 °C,20 min
加入2.0%的琼脂粉即为LB固体培养基
2.0.5 mol/L EDTA (ethylene diaminete traacetic acid)
称取1.861 g EDTA·2H2O加入8.0 ml ddH2O,用NaOH调pH至8.0,ddH2O定容至10 ml
3.50× TAE (tris base-acetic acid-EDTA) 母液
称取Tris 242.0 g
冰醋酸57.1 ml
0.05 mol/L EDTA (pH 8.0) 100 ml
加ddH2O至1,000 ml,将其稀释至1×为工作液
4.1× PBS缓冲液 (pH 7.4)
称取NaCl 8.0 g
KCl 0.2 g
Na2HPO4 1.42 g
KH2PO4 0.27 g
加800 ml ddH2O溶解,调pH至7.4,定容至1,000 ml
5.1 mol/L LiAc
称取10.2 g醋酸锂粉末,溶于80 ml ddH2O,定容至100 ml,121 °C,20 min,4 °C保存
6.10 mg/mL Leu
称取1.0 g亮氨酸粉末,溶于10 ml灭菌ddH2O中,0.22 μm无菌滤膜过滤,分装至1.5 ml离心管,-20 °C保存
7.10× TE Buffer
100 ml 1 mol/L的Tris-HCl (pH 8.0),200 ml 0.5 mol/L EDTA (pH 8.0),加ddH2O定容至100 ml,121 °C,20 min,4 °C保存
8.50% PEG2000
称取50 g PEG2000粉末,溶于80 ml ddH2O,待粉末彻底溶解,定容至100 ml,121 °C,20 min,4 °C保存
9.TE/LiAc Buffer
1 ml 10× TE Buffer,1 ml 1 mol/L LiAc,加ddH2O定容至10 ml,4 °C保存
10.40% PEG2000
10×TE Buffer和1 mol/L LiAc各1 ml与8 ml 50%的PEG2000混合均匀,4 °C保存
11.10× D
称取20.0 g D-葡萄糖,加ddH2O溶解并定容至100 ml,121 °C,20 min,室温放置
12.YNB缺陷培养基
称取0.67 g YNB溶于90 ml ddH2O,121 °C,20 min
加10 ml 10× D,1 ml 10 mg/ml Leu,4 °C保存
在液体培养基中加入2.0%琼脂即为YNB固体缺陷培养基
13.YNB-CAA培养基
称取0.67 g YNB和0.5 g CAA,加ddH2O至90 ml,121 °C,20 min,4 °C保存
14.YPD (yeast extract peptone dextrose)
称取酵母膏0.5 g,蛋白胨1 g,加ddH2O至45 ml,121 °C,20 min
加5 ml灭菌的10× D,4 °C保存
15.10× Gal
称取20.0 g D-半乳糖溶于100 ml ddH2O,121 °C,20 min,室温保存
致谢
国家重点研发计划重点专项子课题“农副产品利用与饲料资源开发技术集成与应用” (2018YFD0501903)
参考文献
1. Wang, J. K. He, B. Du, W. et al. (2015). Yeast with surface displayed xylanase as a new dual purpose delivery vehicle of xylanase and yeast. Anim Feed Sci Technol, 208: 44-52.
2.Boder, E. T. and Wittrup, K. D. (1997). Yeast surface display for screening combinatorial polypeptide libraries. Nat Biotechnol 15(6): 553-557.
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