一、非root用户安装python模块

1.python安装的默认目录是$python/lib/python版本号/site-packages，比如本机中python 路径是/software/python3/Python-v3.7.0/bin/python3，那默认模块安装路径是/software/python3/Python-v3.7.0/lib/python3.7/site-packages，重点是设置安装目录。

2.往往没有root权限，我们需要将模块安装到指定目录，首先创建一个可读写目录，比如：

mkdir ~/python3_package

cd python3_package

mkdir bin

mkdir -p lib/python3.7/site-packages

3.下载模块安装包，一般官网下载安装包，一般是tar.gz 格式，官网地址，放到哪里都没关系，这里，我创建了 pkg 目录，存放所有下载的安装包。比如安装 pyfasta 模块。

mkdir -p pkg && cd pkg

wget https://files.pythonhosted.org/packages/be/3f/794fbcdaaa2113f0a1d16a962463896c1a6bdab77bd63f33a8f16aae6cdc/pyfasta-0.5.2.tar.gz

tar -zxvf pyfasta-0.5.2.tar.gz

cd pyfasta-0.5.2 #进入解压目录

python3 setup.py install --prefix=~/python3_package #一定注意这里的目录，设置为之前创建的目录

4.设置环境变量，将之前创建的目录加入到环境变量当中

vi ~/.bash_profile #打开文件，添加以下内容

export PATH=$HOME/.local/bin:$HOME/bin:~/python3_package/bin:$PATH

export PYTHONPATH=~/python3_package/lib/python3.7/site-packages:$PYTHONPATH

source ~/.bash_profile

5.卸载模块

cd ~/python3_package

cd bin #删除生成的对应文件

vi lib/python3.7/site-packages/easy-install.pth #修改lib下 的这个文件去掉想要卸载的模块 .egg 那一行

6.批量安装模块

pip3 install -r requirements.txt #requirements.txt 列出需要安装的软件

cat requirements.txt

numpy>=1.14.0

scipy>=1.0.0

fastcluster

pandas>=0.22.0

matplotlib>=2.1.1

seaborn>=0.8.1

二、非root用户安装python3

1.下载软件包并解压

wget https://www.python.org/ftp/python/3.7.0/Python-3.7.0.tgz

tar -zxvf Python-3.7.0.tgz

2.创建一个空目录，存放安装文件

mkdir ~/Python-v-3.7.0

3.安装

cd Python-3.7.0

./configure --prefix="~/Python-v-3.7.0"

#出现以下提示(暂不执行)：

If you want a release build with all stable optimizations active (PGO, etc),

please run ./configure --enable-optimizations

make && make install

4.可能出现的安装错误

1)编译make && make install 编译时出现错误

warning: Clock skew detected. Your build may be incomplete

原因：机器系统时间与文件时间不一致

解决：更新所有文件的时间后重新编译

find . -type f | xargs -n 5 touch make clean

make && make install

最终 是改了linux 的系统时间 才完成安装

2)缺少动态库时，添加路径到 LD_LIBRARY_PATH变量即可

#动态库查看

ldd ~/Python-v-3.7.0/bin/python3

添加环境变量

export PATH=~/Python-v-3.7.0/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=~/lib/python3.7:$LD_LIBRARY_PATH

#export PYTHONPATH=~/Python-v-3.7.0/lib/python3.7:$PYTHONPATH #可能不需要