BWA mem序列比对时出现：paired reads have different names 问题解决

问题：

在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI_CGG_GTA"

原因分析：

查看两条reads所在的行信息：

在R1和R2中55841行中是不同的reads；在其他行中也出现这样的问题，如下：

查看R1和R2 fastq文件的总行数：

R1为26081112行，R2为26081516行，分析原因是在用python分别对Fastq文件进行序列单独处理时，导致R1和R2的序列出现了不对应的情况发生；

1）尝试采用fastq文件进行质控看能否解决，质控后R1和R2序列数一致了，但是reads不会进行重新排序，R1和R2 Paired Reads位置还是存在不一致情况，比对仍会出现问题；

序列数一致了；

比对仍然出错

相同行出现非paired reads情况，导致比对出错

问题解决：

方式1：采用bbmap进行fastq文件的修复；

软件安装：

conda install -c bioconda bbmap

fq文件修复

bash /path/repair.sh in=r1.fq in2=r2.fq out=r1.repair.fq out2=r2.repair.fq

修复之后序列数变少了：修复前26051120，修复后26020116

修复之后，采用BWA进行序列比对，一切正常！！！！

方式2：采用fastqtools进行序列重新排序（R1和R2的文件的序列数需保持一致，仅仅是pairedReads出现不对应的情况）

网址：GitHub - dcjones/fastq-tools: Small utilities for working with fastq sequence files.


wget https://github.com/dcjones/fastq-tools/archive/refs/heads/master.zipcd fastq-tools./autogen.sh./configure --prefix=/path/makemake install

软件在Bin文件夹下：

采用fastq-sort进行重新排序仍不能解决问题，方式1是最终解。

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