背景：

从samtools sort 默认排序后的bam文件中提取fastq序列并对其格式化，对格式化后的fastq文件重新比对到参考基因组，报错如下：”[mem_sam_pe] paired reads have different names: “A00575:297:HWHKYDMXX:1:1331:22372:31814:”, “A00575:297:HWHKYDMXX:2:2167:15004:31297:”

原因分析：

最开始在网上也查找了很多的提问，有说使用BBtools工具处理，最终看到有一个解答更为简单解决该问题（如何从BAM文件中提取fastq by徐洲更），比较原始fastq的两个文件，R1和R2reads name排序是统一的，最终确认为是由于reads name不统一导致该问题。

解决问题

重新使用samtools sort -n 对已排序的bam按照reads name 重新排序，重新进行fastq提取

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