python操作VCF文件

安装

pip install PyVCF

使用

#如果有多个样本，可以这样访问最后两列信息，例如双样本，0为normal，1为tumor

record.samples[0]

对vcf进行筛选，并重新生成vcf

切记用完一定要close()

import vcffilaname1='xxx.vcf'
filename2='xxx.vcf'
tumor_idx=1
vcf_reader = vcf.Reader(open(filename1, 'r'))
vcf_writer = vcf.Writer(open(filename2,'w'),vcf_reader)
for record in vcf_reader:if len(record.FILTER) == 0: #passaf = record.samples[tumor_idx]['AF']if af >= 0.01:vcf_writer.write_record(record)
vcf_writer.close()

也可以读取vcf.gz

import vcf vcf_name = "xx.vcf.gz"
vcf_reader = vcf.Reader(filename = vcf_name)
for record in vcf_reader:print(record.CHROM)  ##strprint(record.POS)    ##intprint(record.REF)    ##strprint(record.ALT)    ##listprint(record.INFO)   ##dictprint(record.FORMAT)   ##str

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