Lefse本地运行并更换颜色
首先是lefse的安装
由于lefse使用的环境比较早,建议使用conda虚拟环境的方式安装,可以省掉不少麻烦
conda create -n lefse python=2.7 python=2.7 #python这里选成2.7否则会卡住
环境安装完成后,进入环境安装lefse
source activate lefseconda install lefse
等lefse 自动安装完成以后,可以用lefse-plot_cladogram.py 来调用绘图,具体可以查看bioconda的官方文档
lefse安装说明
另外完全按照这个程序走,会报错没有 axis_bgcolor() 这个参数,一开始的想法是去lefse-plot_cladogam.py修改这个参数 axis_bgcolor() 改成facecolor() 不过尝试过以后发现不只是bgcolor这一个参数改动了,很多参数都有变化,如果只改这一个图还是会很奇怪。
后来发现是matplotlib的版本问题,降低版本就可以解决。
直接降低到最早的版本会报错
/usr/include/time.h:37:10: fatal error: bits/types/clock_t.h: No such file or directory
找了半天,找到1.5.3的版本还是可以用的。(之后就更新到2.0了,大概大改都发生在这边)。
在lefse环境里卸载matplotlib重装
pip uninstall matplotlibpip install matplotlib==1.5.3
正常安装完成
再尝试下
lefse-plot_cladogram.py test.res test.svg
正常了
之后是改变颜色,这个比较简单
进入envs目录,然后找到 lefse-plot_cladogram.py 打开,最前面有一段
colors = ['r','g','b','m','c',[1.0,0.5,0.0],[0.0,1.0,0.0],[0.33,0.125,0.0],[0.75,0.75,0.75],'k']
dark_colors = [[0.4,0.0,0.0],[0.0,0.2,0.0],[0.0,0.0,0.4],'m','c',[1.0,0.5,0.0],[0.0,1.0,0.0],[0.33,0.125,0.0],[0.75,0.75,0.75],'k']
然后直接改这边的颜色就行
上下对应都要改。
顺便,lefse的图真的好看。
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