Mac Conda

基本

# 查看版本
conda --version# 获取帮助
conda --help
conda -h
conda update --help# 环境管理
conda env -h

配置镜像：

# 设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes#一：官方频道
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
#二：清华镜像频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
#三：北外镜像频道
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
#四：中科大源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/# 四种来源选取一个来源的频道配置即可，重复配置频道会造成冗余，降低软件安装速度#更换镜像配置的时候记得先运行这一条
conda clean -i

创建环境

# 指定python的版本：
conda create -n myenv python=3.7# 创建新环境并指定包含的库：
conda create -n myenv scipy
# 还可以指定库的版本：
conda create -n myenv scipy=0.15.0# 复制环境：
conda create --name myclone --clone myenv# 激活、进入某个环境：
conda activate myenv# 退出环境：
conda deactivate# 删除环境：
conda remove --name myenv --all# 查看当前的环境列表
conda info --envs
conda env list

包管理

# 查找下自己想安装的软件是否可以用conda安装# 网站查询
https://anaconda.org/search
https://bioconda.github.io/# 使用命令行搜索
conda search xxx#查询是否可以安装以及版本信息
conda search fastqc
#安装fastqc,加等号指定安装0.11.7版本的，也可以不指定
conda install fastqc=0.11.7
#加-y参数可以跳过确认步骤
conda install -y fastqc=0.11.7
#删除软件
conda remove fastqc
#升级软件
conda update fastqc
#升级conda自身
conda update conda
#删除下载了但没有使用的包
conda clean -p#先创建一个biosoft的文件夹, 在里面创建一个samtools文件夹
mkdir -p ~/biosoft/samtools
#使用-p参数指定安装位置
conda install -p ~/biosoft/samtools samtools

conda进阶使用

除了切换环境外，可以用mamba替换conda的所有命令
不在base环境中安装软件是为了避免各个软件依赖环境之间的冲突，如果确定安装的软件不会产生冲突就可以在base环境中安装，另外在base环境安装的软件在各个小环境中都可使用。在base环境中安装mamba后，使用mamba查找以及安装软件都比较快

#切换到base环境（确保安装在base)
conda activate base
#在base环境下安装mamba
conda install mamba#搜索软件
mamba search fastqc
#更快搜素软件
mamba repoquery search fastqc
#安装软件
mamba install fastqc#查看软件之间相互依赖关系
我依靠谁？
mamba repoquery depends -t samtools
谁依赖我
mamba repoquery whoneeds -t python

资料

conda镜像配置及其使用方法：https://zhuanlan.zhihu.com/p/570142060

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