biopython有什么用_Biopython介绍

Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言，在计算机科学中日益流行。Python易学，语法明晰，并且能很容易的使用以C，C++或者FORTRAN编写的模块实现扩展。

Biopython官网(http://www.biopython.org)为使用和研究生物信息学的开发者提供了一个在线的资源库，包括模块、脚本以及一些基于Python的软件的网站链接。一般来讲，Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及类，从而使得Python在生物信息学中的应用变得更加容易。Biopython的特点包括解析各种生物信息学格式的文件(BLAST， Clustalw， FASTA， Genbank...)，访问在线的服务器(NCBI，Expasy...)，常见和不那么常见程序的接口(Clustalw， DSSP，MSMS...)，标准的序列类，各种收集的模块，KD树数据结构等等，还有一些文档。

基本来说，我们喜欢使用Python来编程，并且希望通过创建高质量、可复用的模块和脚本来使得Python在生物信息学中的应用变得容易。

主要的Biopython发行版本有很多种功能，包括：将生物信息学文件解析为Python可用的数据结构，包含以下支持的格式：Blast输出结果 – standalone和在线Blast

Clustalw

FASTA

GenBank

PubMed和Medline

ExPASy文件, 如Enzyme和Prosite

SCOP, 包括‘dom’和‘lin’文件

UniGene

SwissProt

被支持格式的文件可以通过记录来重复或者通过字典界面来索引。

处理常见的生物信息学在线数据库的代码：NCBI – Blast, Entrez和PubMed服务

ExPASy – Swiss-Prot和Prosite条目, 包括Prosite搜索

常见生物信息学程序的接口，例如：NCBI的Standalone Blast

Clustalw比对程序

EMBOSS命令行工具

一个能处理序列、ID和序列特征的标准序列类。

对序列实现常规操作的工具，如翻译，转录和权重计算。

利用k最近邻接、Bayes或SVM对数据进行分类的代码。

处理比对的代码，包括创建和处理替换矩阵的标准方法。

分发并行任务到不同进程的代码。

实现序列的基本操作，翻译以及BLAST等功能的GUI程序。

使用这些模块的详细文档和帮助，包括此文件，在线的wiki文档，网站和邮件列表。

整合BioSQL，一个也被BioPerl和BioJava支持的数据库架构。

我们希望这些能给你足够的理由去下载并开始使用Biopython！

biopython有什么用_Biopython介绍相关推荐

biopython有什么用_BioPython学习笔记
序列和序列对象 Seq 类 Seq类是Biopython最基础的一类, 储存序列信息. from Bio.Seq import Seq. 该类基本格式是Seq(self, data, alphabet ...
biopython 【1】简单介绍【常用板块、安装】
[学习]https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/111714256 Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学 ...
biopython中文指南_Biopython新手指南-第1部分
biopython中文指南 When you hear the word Biopython what is the first thing that came to your mind? A pyt ...
biopython安装_BioPython的安装和使用
BioPython 是一个用来处理序列和生物信息的python包,里面包含了很多的工具,可以用来直接读取fasta格式.安装可以通过两种方式,pip方式: 1. pip 方式 pip3 install ...
biopython中文指南_Biopython的列表和限制类型
这本食谱松散地使用了"列表"这个词.他们讨论的是一个包含有效酶名的列表,这些酶已经在import Bio.Restriction中定义.您可以使用以下工具列出所有这些工具(以及其他 ...
为什么 Biopython 的在线 BLAST 这么慢？
用过网页版本 BLAST 的童鞋都会发现,提交的序列比对往往在几分钟,甚至几十秒就可以得到比对的结果:而通过调用 API 却要花费几十分钟或者更长的时间!这到底是为什么呢? NCBIWWW 基本用法 ...
python扩展包中文介绍：截止2019.12.01
文章目录 python 扩展包基本信息基本功能介绍 python 扩展包基本信息 https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ 基本功能介绍 A APSW, ...
溶剂可及性（三）dssp和biopython
原文链接:溶剂可及性(三)dssp和biopython 关于DSSP的安装教程有很多,方式也不尽相同,这里我介绍一种个人觉得最便利的方法,通过anaconda安装相关库: conda install ...
将blast等工具的命令行写入到biopython的代码脚本中
biopython: Bio.Application package全面解析将生物信息学工具(blast,muscle,bwa,samtool等)的命令行写入到biopython的代码脚本中大家好 ...
python 生信分析_安利一款生信分析神器：Biopython之分析环境搭建
当然作为入门,python语言基础还是要会一点点的,不过不需要很深.工具嘛,我们只用关心怎么用得溜,平时也没人追究勺子咋造的只管拿来用,是吧~Biopython是一个包含大量实用功能模块的集合,它支持 ...

biopython有什么用_Biopython介绍

biopython有什么用_Biopython介绍相关推荐

最新文章

热门文章