biopython中文指南_Biopython的列表和限制类型
这本食谱松散地使用了“列表”这个词。他们讨论的是一个包含有效酶名的列表,这些酶已经在import Bio.Restriction中定义。您可以使用以下工具列出所有这些工具(以及其他实用程序):from Bio import Restriction as rst
dir(rst)
但是RestrictionType比带有名称和序列的dict要复杂一些。以下是“EcoRI”的完整定义:
^{pr2}$
再加上一套供应商的产品,例如suppliers["B"] = (
'Invitrogen Corporation',
['MluI', 'HpaII', 'SalI', 'NcoI', 'ClaI', 'DraI', 'SstII', 'AvaI', ...)
还有打字机:typedict["212"] = (
('NonPalindromic', 'OneCut', 'Ov5', 'Defined', 'Meth_Dep', ...),
['BssHII', 'BsrFI', 'DpnII', 'MluI', 'NgoMIV', 'HpaII', 'TspMI', ...],
)
这些定义在Bio.Restriction.Restriction_Dictionary
使用我先前放在另一个anwer中的代码:from Bio.Restriction import Restriction as rst
from Bio.Restriction.Restriction_Dictionary import rest_dict, typedict
def create_enzyme(name):
e_types = [x for t, (x, y) in typedict.items() if name in y][0]
enzyme_types = tuple(getattr(rst, x) for x in e_types)
return rst.RestrictionType(name, enzyme_types, rest_dict[name])
enzyme_list = ["EcoRI", "MstI"]
rb = reduce(lambda x, y: x + y, map(create_enzyme, enzyme_list))
当食谱上写着“通过给它一个酶或酶的名字的列表”,他们是在简化事情。正如您在源代码中看到的,/Bio/Restriction/Restriction.py,当object RestrictionBatch初始化时,__init__调用self.format,并且self.format检查“list”中的每个项是否是RestrictionType的实例。在
小问题的次要答案是:>>> from Bio import Restriction as rst
>>> rst.hasattr(rst, "EcoRI")
True
>>> rst.hasattr(rst, "FakeEnzyme")
False
或者>>> from Bio.Restriction.Restriction_Dictionary import rest_dict
>>> "EcoRI" in rest_dict.keys()
True
>>> "FakeEnzyme" in rest_dict.keys()
False
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