matlab分支定界法linprog_序列比对(二十二)——中间字符串分支定界方法中更紧的界...

原创: hxj7

前文介绍了中间字符串的算法和代码，但是使用分支定界策略时所使用的界限是很宽松的。本文给出了一个更紧的界限。

对分支定界法的简单回顾

前文《序列比对（21）中间字符串问题的算法及实现代码》介绍了中间字符串的算法和代码，但是使用分支定界策略时所使用的界限是很宽松的。分支定界法的伪代码如下：

引自《生物信息学算法导论》

对分支定界法界限的详细说明

进一步讨论

运行效果
笔者按照上述方案选择了一种更紧的界限及其计算方式，从代码的实际运行效果来看，对效率的提升并不大。这可能和输入数据有关，当然也可能是笔者的实现代码还需优化（比如选择更好的计算界限的方法）。尽管如此，通过本文第一次尝试了为分支定界法估计更紧的界，这也许为以后的学习打下了一个基础。

具体代码

（公众号：生信了）

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