Linux学习 - sed使用

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sed基本参数解释

sed是stream editor的简称，擅长对文件进行各种正则操作、插入操作、替换操作和删除操作，可以全局，可以指定特定范围的行或者特定特征的行。

s/pat/replace/: 正则替换

前插行i, 后插行a, 替换行c, 删除行d, 输出行p

N: 读入下一行，同时存储；n:读入下一行，抛弃当前行

常见操作

替换特定的文本

ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat
ID  2 cell  4 cell  8 cell  embryo
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
c-Myc   2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/' mat
ID  2_cell  4 cell  8 cell  embryo
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
c-Myc   2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/g' mat
ID  2_cell  4_cell  8_cell  embryo
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
c-Myc   2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5

获得逗号分隔的一组数

ct@ehbio:~/SXBD$ echo `seq 1 10` | sed 's/ /,/g'
1,2,3,4,5,6,7,8,9,10

针对指定行替换

ct@ehbio:~/SXBD$ sed '2,$ s/_[0-9]//g' mat
ID  2 cell  4 cell  8 cell  embryo
Pou5f1  2   3   4   5
Nanog   2   3.2 4.3 5
c-Myc   2   3   4   5
Tet1    2   3   4   5

替换特定出现位置

# 替换第一个空格
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/1' mat
ID  2_cell  4 cell  8 cell  embryo
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
c-Myc   2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5
# 替换第二个空格
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/2' mat
ID  2 cell  4_cell  8 cell  embryo
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
c-Myc   2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5
# 替换第二个及以后的空格
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/2g' mat
ID  2 cell  4_cell  8_cell  embryo
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
c-Myc   2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5

给序列起名字

ct@ehbio:~/SXBD$ cat seq
ACDGTFGGCATGCDTGD
ACDGAGCDTAGCDGTA
CAGDTAGDCTADTG
ct@ehbio:~/SXBD$ sed = seq
1
ACDGTFGGCATGCDTGD
2
ACDGAGCDTAGCDGTA
3
CAGDTAGDCTADTG
# 同时缓冲两行，但只对第一行行首操作
ct@ehbio:~/SXBD$ sed = seq | sed 'N;s/^/>/;'
>1
ACDGTFGGCATGCDTGD
>2
ACDGAGCDTAGCDGTA
>3
CAGDTAGDCTADTG

给文件增加标题行

ct@ehbio:~/SXBD$ tail -n +2 mat | sort -k2,2n
c-Myc   2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
Pou5f1_1    2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5# 1 表示第一行
# i 表示插入，在指定行前面插入新行
ct@ehbio:~/SXBD$ tail -n +2 mat | sort -k2,2n | sed '1 i ID\t2_cell\t4_cell\t8_cell\tembryo'
ID  2_cell  4_cell  8_cell  embryo
c-Myc   2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
Pou5f1_1    2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5

提取特定或指定范围的行

# -n是必须的，阻止程序自动输出匹配行，不然会导致重复输出
ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '2,4p' mat
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
c-Myc   2   3   4   5
ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '4p' mat
c-Myc   2   3   4   5

提取符合特定模式的行

ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '/_/ p' mat
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
Tet1_3  2   3   4   5
ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '/-/ p' mat
c-Myc   2   3   4   5

去除文件中的空行

ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat
ID  2 cell  4 cell  8 cell  embryo
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5c-Myc   2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5
# 空行就是只有行首和行尾的行
ct@ehbio:~/SXBD$ sed '/^$/d' mat
ID  2 cell  4 cell  8 cell  embryo
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
c-Myc   2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5

原位删除

ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat
ID  2 cell  4 cell  8 cell  embryo
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5c-Myc   2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5# -i 参数的使用
ct@ehbio:~/SXBD$ sed -i '/^$/d' mat
ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat
ID  2 cell  4 cell  8 cell  embryo
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
c-Myc   2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5

删除指定范围的行

ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat
ID  2 cell  4 cell  8 cell  embryo
Pou5f1_1    2   3   4   5
Nanog_1 2   3.2 4.3 5
c-Myc_2 2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5ct@ehbio:~/SXBD$ sed '2,3d' mat
ID  2 cell  4 cell  8 cell  embryo
c-Myc_2 2   3   4   5
Tet1_3  2   3   4   5

记忆匹配

启动记忆匹配；\1为第一个匹配项，\2为第二个匹配项；匹配项的计数根据左括号出现的位置来定，第一个(包括起来的为\1。

ct@ehbio:~/SXBD$ echo "hah ehbio hah" | sed 's/ \(.*\) /\t\1\t\1\t/'
hah ehbio   ehbio   hah

奇偶数行处理

ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven"
odd
even
odd
even# 奇偶数行合并
ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven" | sed 'N;s/\n/\t/'
odd even
odd even# 取出偶数行，比较简单
# 注意 n (小写)撇掉了奇数行
ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven" | sed -n 'n;p'
even
even# 取出奇数行
# 先都读进去，然后替换偶数行为空值，再输出
ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven" | sed -n 'N;s/\n.*//;p'
odd
odd

Windows/Linux换行符困境

Windows下的换行符是\r\n, Linux下换行符是\n, MAC下换行符是\r。所以Windows下的文件拷贝到Linux后，常会出现行尾多一个^M符号的情况，从而引起匹配或其它解析问题。

^M的输是 ctrl+v+M ctrl+v;ctrl+m，不是简单的输入^,再输入M。

ct@ehbio:~/SXBD$ cat -A windows.txt
ID^M$
A^M$
B^M$
C^M$
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/^M//' windows.txt | cat -A
ID$
A$
B$
C$

sed中使用bash变量

# 注意双引号的使用
ct@ehbio:~/SXBD$ bash_variable='ehbio'
ct@ehbio:~/SXBD$ echo "sheng xin bao dan " | sed "s/$/$bash_variable/"
sheng xin bao dan ehbio

正则表达式不同语言略有差别，但整体相近，更多正则操作见：不用Linux也可以的强大文本处理方法。