bam获取序列_bam格式说明

SAM文件map结果是类似下面的东西：

HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670 0 chr1 12805 1 42M4I5M * 0 0 TTGGATGCCCCTCCACACCCTCTTGATCTTCCCTGTGATGTCACCAATATG CCCFFFFFHHGHHJJJJJHJJJJJJJJJJJJJJJJIJJJJJJJJJJJJIJJ AS:i:-28 XN:i:0 XM:i:2 XO:i:1XG:i:4 NM:i:6 MD:Z:2C41C2 YT:Z:UU NH:i:3 CC:Z:chr15 CP:i:102518319 XS:A:+ HI:i:0

HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:2313:17391:30032 272 chr1 13494 1 51M * 0 0 ACTGCCTGGCGCTGTGCCCTTCCTTTGCTCTGCCCGCTGGAGACAGTGTTT CFFFFHHJJJJIJJJJIJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJHHHHFA+FFFC@B AS:i:-3 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0NM:i:1 MD:Z:44G6 YT:Z:UU XS:A:+ NH:i:3 CC:Z:chr15 CP:i:102517626 HI:i:0

HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1109:17518:53305 16 chr1 13528 1 51M * 0 0 CGCTGGAGCCGGTGTTTGTCATGGGCCTGGGCTGCAGGGATCCTGCTACAA #############AB=?:*B?;A?&lt2+233++;A+A2+&lt7==@7,A&ltA&lt=&gt AS:i:-5 XN:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0NM:i:2 MD:Z:8A21T20 YT:Z:UU XS:A:+ NH:i:4 CC:Z:chr15 CP:i:102517592 HI:i:0

看上去很类似fastq文件，它也有read名称，序列，质量等信息，但是又不完全一样。首先，每个read只占一行，只是它被tab分成了很多列，一共有12列，分别记录了：

1、read名称

2、SAM标记

3、chromosome

4、5′端起始位置

5、MAPQ(mapping quality，描述比对的质量，数字越大，特异性越高)

6、CIGAR字串，记录插入，删除，错配以及splice junctions(后剪切拼接的接头)

7、mate名称，记录mate pair信息

8、mate的位置

9、模板的长度

10、read序列

11、read质量

12、程序用标记

显然，其中chromosome至CIGAR的信息都是非常重要的。

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