Linux环境下ANTs软件安装（基于源码）

1.下载Cmake
- 在命令行里运行：
2.下载ITK
- 在命令行里运行：
3.ANTs安装
- （1）在命令行里运行：
- （2）编译完之后如果在 antsbin 目录下出现 bin 目录，则可以进行下一步了，若没有 bin 目录，需要自己建立 bin 目录，并把三个地方的文件拷贝进去，具体做法如下：
- （3）设置环境变量，更改.bashrc或.profile文件
4.ANTs的使用

以下教程参考：
医学图像配准软件 ANTs（Advanced Normalization Tools）的安装和使用说明
LInux环境下ANTs软件安装

安装ANTs前需要检查是否已经安装CMake以及ITK，如果已经安装了，请直接跳过1.2.两个部分。

1.下载Cmake

在命令行里运行：

cmake --version

如果提示没有安装cmake，则按照提示命令输入安装cmake

2.下载ITK

在命令行里运行：

下载ITK并解压，这里我下载的版本是InsightToolkit-5.1.1,因此在当前路径下有一个名称为InsightToolkit-5.1.1的文件夹，创建ITK文件夹并进入，之后进行构建ITK

mkdir ITK
cd ITK
ccmake  /填写你的路径/InsightToolkit-5.1.1

键盘输入c进行configure构建将这些参数BUILD_DOXYGEN, BUILD_EXAMPLES, BUILD_SHARED_LIBS,BUILD_TESTING调节为调节OFF,重新c构建，不报错进行g生成文件

make -j 2

安装完成

3.ANTs安装

（1）在命令行里运行：

git clone git://github.com/ANTsX/ANTs.git  #从github上克隆相应的仓库，保存在当前目录下的ANTs文件夹下
mkdir antsbin  #创建antsbin文件夹
cd antsbin  #进入antsbin文件夹
ccmake ../ANTs  #进入cmake界面，然后依次按下'C'键，稍作等待，再按下'C'键和'G'键，分别完成设置和生成后回到命令行
make -j 4  #进行编译，需要运行较长时间

可能出现的问题：
A.在Terminate出现新的命令之后，输入c进行配置，将参数SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL，BUILD_TESTING，RUN_LONG_TESTS,RUN_SHORT_TESTS置为OFF，重新点击c，没有报错之后输入g生成
B.在输入c之后出现Could not find ZLIB通过安装ZLIB包即可：

sudo apt-get install zlib1g-dev

重新点击c进行配置

（2）编译完之后如果在 antsbin 目录下出现 bin 目录，则可以进行下一步了，若没有 bin 目录，需要自己建立 bin 目录，并把三个地方的文件拷贝进去，具体做法如下：

#在 antsbin 目录下
mkdir bin #在antsbin下建立bin目录
cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin # 将ANTS-build/Examples下的文件复制到bin目录中
cp ./staging/bin/* ./bin #将staging/bin下的文件复制到bin目录中
cp ../ANTs/Scripts/* ./bin #将ANTs/Scripts下的文件复制到bin目录中

（3）设置环境变量，更改.bashrc或.profile文件

cd ~  #回到home文件夹下
vi ~/.bashrc  #打开vi进行编辑，按'i'进入插入模式，并在文档末尾插入以下内容
export ANTSPATH=/home/username/antsbin/bin/
export PATH=“$ANTSPATH:$PATH”
#以上路径要和真实路径一致，然后依次按'ESC'键,'Shift'+':'键，'w'键和'q'键，然后回车保存并退出
source ~/.bashrc  #激活相应的环境配置

以上设置环境变量的方法其实也可以直接在home下打开bashrc文件，在最后加上

export ANTSPATH=/home/username/antsbin/bin/

4.ANTs的使用

在 ANTs/Scripts 路径下有各种各样的 .sh 文件，较为常用的有antsRegistrationSyN.sh 等，为了方便调用可以将 .sh 文件的路径添加到环境变量中去：

vi ~/.bashrc  #打开.bashrc文件并在末尾添加以下内容
export PATH=$PATH:/home/username/ANTs/Scripts
#保存并退出
source ~/.bashrc  #使环境变量生效

同3（3）一样，也可以用另一种方法，即在home下打开bashrc文件，在最后加上

export PATH=$PATH:/home/username/ANTs/Scripts

然后直接在命令行使用 antsRegistrationSyN.sh ，如果给出该命令的使用方法，则配置成功，如果给出报错信息则配置失败。例如，antsRegistrationSyN.sh的使用如下：

antsRegistrationSyN.sh -d 2 -f fixed_img.jpg -m moving_img.jpg -o output

配准结束后输出5个文件，默认在你打开终端的位置（找不到可以在home找找）：

output0GenericAffine.mat ， output1Warp.nii.gz 分别表示线性变换和非线性变换估计出的映射关系，outputWarped.nii.gz 表示将 moving_img.jpg 配准到 fixed_img.jpg 后的图像，outputInverseWarped.nii.gz 表示将 fixed_img.jpg 配准到 moving_img.jpg 后的图像。