GEMMA做GWAS分析（二）

cd bisoft/gemma/bin
gemma
./gemma -h 1

首先使用plink文件将PED文件进行转换成bim,bed,fam三个文件，命令程序

plink --file [file_prefix] --make-bed --out [bedfile_prefix]

将fam文件中最后一行的表型值换成真正的表型值（因为在gemma0.94和0.97中缺失表型值无法进行亲缘关系矩阵的计算）

计算亲缘关系矩阵（使用最新的fam文件），命令如下：

gemma -bfile [prefix] -gk [num] -o [prefix]
-bfile [prefix] 代表的是PLINK binary ped file prefix

做GWAS分析

gemma -bfile [prefix] -k [filename] -c [filename] -n [num] -lmm [num] -o [prefix]
-k [filename]-----亲缘关系矩阵的文件名字（包括后缀）
-c [filename]-----协变量的文件，协变量第一列放1，表示截距；
-n [num]----这里是指的是fam文件的表型，"-n 1"指的是fam文件中的第六列的表型文件,也可以加入几个性状进行关联分析

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