php 生存分析,HPA数据库08.做生存分析

生信论文的套路

ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；

临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库)，很重要；

Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；

cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一)；

STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路(机制二)；

TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征(机制三)。

我们前面说过，如果没有条件，用人类蛋白组图谱数据库(The human preotein atlas, HPA，网址：https://www.proteinatlas.org/)阐释蛋白的差异表达是最方便的。一般在论文中出现的是病理检测结果(IHC)，特别是结合ONCOMINE数据库的结果，对基因在肿瘤和临近组织的表达进行对比展示。

此外，尽管KM Plotter可以用来做生存分析，但是有时会遭到质疑。我们还可以用用HPA获得生存分析的数据，并通过Excel做出生存曲线图。那具体如何操作呢？

首先是打开HPA官网，输入兴趣基因“ACE2”，点击search进入页面。

找到含有病人信息的网页，这里的数据均来自TCGA数据库，包括病人的样本信息，病人年龄，性别，种族，疾病分期，存在状态，存活时间等信息。

点击show all，复制样本信息和描述的所有内容，粘贴到Excel(Excel先设置为文本格式，或者在粘贴时出现的对话框选择为文本)。粘贴后，数据是分为两列的，接下来，需要用到数据处理的技巧。

在数据的对话框下面有分列功能，选择描述部分的内容，然后选择分列。出现如下的对话框。

我们获得的数据之间是空格，所以我们可以选定“空格”，别的可以先不管。

最后获得分列的数据信息。有些数据信息并不全面，我们需要对一些数据进行预处理，调整信息到相应的列中。然后把数据粘贴到Graphpad中，进行生存分析就可以了。

愿与果友们共同成长！

php 生存分析,HPA数据库08.做生存分析相关推荐

Oracle数据库碎片分析,oracle数据库碎片概念与分析
什么是oracle的碎片呢,百度一大片关于oracle碎片的概念,以前看了一两遍,以为看了就了解了碎片了,其实不然,在百度上看的内容如下 ------------------------------- ...
excel两个指标相关性分析_用Excel做相关性分析
一.概念理解相关关系:变量之间存在着的非严格的不确定的关系,对它们进行深层次的分析,观察它们的密切程度. 相关性分析:对变量之间相关关系的分析,即相关性分析.其中比较常用的是线性相关分析,用来衡量它 ...
DEAP:使用生理信号进行情绪分析的数据库(三、实验分析与结论)
来源CSDN网友HaZyiCe的授权分享在此非常感谢HaZyiCe! 本篇文章是关于用于情绪分析的生理信号数据库DEAP简介的第三部分:实验分析与结论.用于情绪分析的生理信号数据库DEAP简介内容包 ...
实战：爬取数据存入数据库并做可视化分析
本文选用天气预报数据作为本次文章的主题. 本文大致思维:首先登录网站,查看网页内容及数据格式(使用代码查看内容),选择两个城市及对应月份,爬取对应天气数据,进行数据预处理(如缺失值处理.数据类型转换. ...
linux下载ccle数据,对CCLE数据库可以做的分析--转载
转载:http://www.bio-info-trainee.com/1327.html 收集了那么多的癌症细胞系的表达数据,拷贝数变异数据,突变数据,总不能放着让它发霉吧! 这些数据可以利用的地方非 ...
对CCLE数据库可以做的分析--转载
转载:http://www.bio-info-trainee.com/1327.html 收集了那么多的癌症细胞系的表达数据,拷贝数变异数据,突变数据,总不能放着让它发霉吧! 这些数据可以利用的地方非 ...
excel两个指标相关性分析_用Excel做相关性分析方法
2006-11-15 05:24 分享到: 我要吐槽化学合成实验中经常需要考察压力随温度的变化情况. 某次实验在两个不同的反应器中进行同一条件下实验得到两组温度与压力相关数据, 试分析它们与温度的 ...
数据库性能分析mysql_mysql数据库的性能优化分析
影响数据库性能的根源: 1,磁盘I/O读取 2,CPU使用率 3,资源竞争优化的方式: 1,设计优化 2,操作优化 3,使用其他优化技术 1)设计优化: 分类拆分数据量大的表: 选取最适用的字段属性 ...
matlab怎么对三组数据做相关性分析,如何用matlab做相关性分析
2014-04-22 怎样用matlab求相关系数矩阵我们是用corr来计算的: [RHO,PVAL] = corr(X,Y,'name',value) 其中name可以是type,rows,tai ...

php 生存分析,HPA数据库08.做生存分析

php 生存分析,HPA数据库08.做生存分析相关推荐

最新文章

热门文章