样本、文库、重复、lane、run - 二代测序原理及名词解释
参考:
独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇)
HiSeq2000测序原理、流程与仪器
NGS文库制备的方法比较[心得点评]
各种测序文库构建方式
样本:就是待测的DNA、RNA或蛋白序列,样本来源单一的就是单样本,样本来源于多处就是多样本,一般我们测序用的样本都是单样本,但有时候有特殊需求,我们会把一些样本混合在一起测序,也就是多样本测序。
文库:二代三代读长都是有限的,为此我们必须将全长的序列打断成小片段的文库才能进行测序。总的来说,在NGS分析之前,制备RNA或DNA的主要步骤包括:片段化和/或筛分指定长度的目标序列;将目标片段转化成双链DNA;在片段末端连上寡核苷酸接头;以及定量最终的文库。
单端测序和双端测序:单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段,引物序列连接到DNA片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flow cell上生成DNA簇,上机测序单端读取序列(图1)。 Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点,在第一轮测序完成后,去除第一轮测序的模板链,用对读测序模块(Paired-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增,以达到第二轮测序所用的模板量,进行第二轮互补链的合成测序(图2)。
flowcell:FC,一个FC就是一个载玻片状的载体,它是测序的场所。
lane:表示测序芯片上的一条流通槽,测序文库与试剂均在里面,测序信号的扫描也是按照一条lane上的一个tile进行。一个FC有多条lane,一般是8条
run:测序仪运行一次
把上面4篇文章看完基本就能理解二代测序的原理了~
转载于:https://www.cnblogs.com/leezx/p/6247885.html
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