专有词汇

OGs：致癌基因
TSGs：抑癌基因
PG：乘客基因
富集：从大量母体物质中搜集欲测定的痕量元素至一较小体积，从而提高其含量至测定下限以上的这一操作步骤。
P值：（失活突变富集）
错义突变：是指DNA的突变引起mRNA中密码子改变,编码另一种氨基酸。如DNA中某GAA发生转换突变成AAA后,使原编码的谷氨酸(Glu)改变为赖氨酸(Lys)。这种突变可能对表达产物没有影响，也可能会带来好处，但多数带来有害的或致死的效应。
无义突变：DNA的突变引起mRNA中的密码子改变为一种终止密码子。例如UAU(氨酸)颠换成UAA(终止密码子)使多肽链的合成到此终止，形成一条不完整的多肽链，使蛋白质的生物活性和功能改变。无义基因突变和DNA片段的缺失都可以导致肽链中的片段缺失，致使基因编码的蛋白质失去原有的功能。
同义突变：由于生物的遗传密码子存在兼并现象,在某一碱基改变后,在原来的某种aa的位置译成同一种aa，所编码的氨基酸种类保持不变的突变现象。同义突变并不产生突变效应。
移码突变：是指DNA分子由于某位点碱基的缺失或插入，引起阅读框架变化，造成下游的一系列密码改变，使原来编码某种肽链的基因变成编码另一种完全不同的肽链序列。例如，一个基因的mRNA 一段为：GAA GAA GAA GAA…，翻译产物是一个谷氨酸多肽。如果开头插入一个G．那么mRNA阅读框变成GGA AGA AGA AGA…，翻译产物是一个以甘氨酸开头的精氨酸多肽。移码突变必将引起蛋白质性质的改变从而引起性状的变异，严重时会造成个体死亡。移码突变所造成的DNA损伤一般远远大于点突变。
截断突变：（过量，阴性，抑制肿瘤）那些使蛋白质产物变短因而弱化或破坏蛋白质功能的某些突变，这种截断突变包括无义突变和移码突变，移码突变将导致成熟前翻译终止信号的出现。
遗传漂移：（遗传漂变）是指由于某种机会，某一等位基因频率的群体（尤其是在小群体）中出现世代传递的波动现象称为遗传漂变（genetic drift），也称为随机遗传漂变（random genetics drift）。这种波动变化导致某些等位基因的消失，另一些等位基因的固定，从而改变了群体的遗传结构。
荟萃分析：（Meta 分析）定义为一种对不同研究结果进行收集、合并及统计分析的方法。（在全世界范围内收集对某一疾病各种疗法的小样本、单个临床试验的结果，对其进行系统评价和统计分析，将尽可能真实的科学结论及时提供给社会和临床医师，以促进推广真正有效的治疗手段，摈弃尚无依据的无效的甚至是有害的方法）荟萃分析的主要目的是将以往的研究结果更为客观的综合反映出来。研究者并不进行原始的研究，而是将研究已获得的结果进行综合分析。
CpG位置：CpG是胞嘧啶（C）—磷酸（p）—鸟嘌呤（G）的缩写。
框内插入缺失和移码插入缺失突变：
突变热点：突变几率较高的碱基序列。
保护度：通过防蚀措施使特定类型的腐蚀速率减小的百分数。（通过保护措施使物种替代速率减小的百分数？）
静息预测：
外显子：断裂基因中的编码序列。外显子(expressed region)是真核生物基因的一部分。它在剪接(Splicing)后会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列，又称表达序列。术语外显子也指编码相应RNA外显子的DNA中的区域。所有的外显子一同组成了遗传信息，该信息会体现在蛋白质上。
外显子测序：是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。
全基因组测序：对整个基因组的所有碱基进行测序，这样就可以获得整个基因组的序列情况，主要应用有基因组组装、各类基因组变异的鉴定，包括结构变异等。

全外显子测序：是对基因组的所有外显子进行测序（通常是编码基因的外显子）。对于人来说，外显子序列大概占到人类基因组序列的2%左右。主要应用于鉴定单核苷酸变异或少量碱基的插入或缺失等。

靶向测序：主要是对一些选定的基因进行测序。通常是对已知致病基因或感兴趣的基因进行测序，在临床中，主要应用于辅助疾病的诊断和治疗。

驱动基因和乘客基因

分条列出

1、 topic 主题是什么(重要吗?)
体细胞选择区分致癌基因和抑癌基因

2、 theory 理论背景是什么(充分吗?)
癌症驱动基因的功能在不同的组织和器官中有很大的差异。区分每种癌症类型的乘客基因、致癌基因(OGs)和抑癌基因(TSGs)对于理解肿瘤生物学和确定临床可操作的靶点至关重要。虽然有许多计算工具可用来预测假定的癌症驱动基因，但用于OGs和tsg的上下文感知分类的资源是有限的。

3、 issue 要研究的问题是什么(有趣吗?/有意义吗?)
区分每种癌症类型的乘客基因、致癌基因(OGs)和抑癌基因(TSGs)，证明了OG和TSG中的蛋白质编码突变是在不同的体细胞选择下，并随后开发了GUST方法来发现癌症驱动基因的癌症类型特异性功能

4、 hypothesis 研究假设是什么，推导的逻辑是什么(合理吗?)
OG和TSG中的蛋白质编码突变是在不同的体细胞选择下
5、 study 求证的方法是什么(科学吗?)
交叉验证，GUST
6、 result 主要的结果是什么(令人惊奇吗?surprise?)
体细胞选择是突变基因对肿瘤适应性影响的定量测量。GUST方法直接从全外显子组测序或靶向测序数据估计这些特征，并精确定位在不同细胞环境中驱动肿瘤发生的基因和功能域。
蛋白质编码突变的体细胞选择方向和大小在乘客基因、OGs和tsg上存在显著差异。基于这些模式，我们开发了一种新的方法(肿瘤中的选择基因)，该方法将肿瘤发展中的基因的体细胞选择，物种进化过程中的分子保守性以及常规比例测量方法相结合，以对不同组织和器官中的癌症基因进行分类。以癌症类型特异性的方式发现OGs和tsg。

7、 explanation 结果的意料/意外是什么，基于文献如何解释，有什么意义和启示，存在的问题(有价值/不足吗?)
存在的问题：尽管我们发现了许多已知和新颖的癌症驱动基因，但在我们的分析中，它们都没有高可信度地显示出双重OG / TSG作用。尽管我们发现了许多已知和新颖的癌症驱动基因，但在我们的分析中，它们都没有高可信度地显示出双重OG / TSG作用。
8、 implication 对该领域的研究有什么启发，对你的研究有什么借鉴(有实用/收获吗?)

9、如果让你来做这样一个研究，你会这么做吗?你还能怎么做?

读书笔记

首先，这篇论文的题目是“体细胞选择区分致癌基因和抑癌基因”，目前，区分各种癌症类型中的乘客基因、致癌基因和抑癌基因对了解癌症病因和确定临床上可操作的靶点至关重要。
本文基于理论背景——蛋白质编码突变的体细胞选择方向和大小在乘客基因、致癌基因和抑癌基因上存在显著差异——开发了新方法（GUST方法），该方法将肿瘤发展中的基因的体细胞选择，物种进化过程中的分子保守性以及常规比例测量方法相结合，以对不同组织和器官中的癌症基因进行分类，以癌症类型特异性的方式发现致癌基因和抑癌基因。
本文通过10倍基因保留交叉验证对GUST方法进行测试，并与20/20+进行对比，最终证明了GUST预测的驱动基因与现有方法高度吻合，同时提供了额外的OG / TSG分类。
最终得出结论，体细胞选择是突变基因对肿瘤适应性影响的定量测量。GUST方法直接从全外显子组测序或靶向测序数据估计这些特征，并精确定位在不同细胞环境中驱动肿瘤发生的基因和功能域。
但是该方法依旧存在问题，尽管我们发现了许多已知和新颖的癌症驱动基因，但在本文的分析中，它们都没有高可信度地显示出双重OG / TSG作用。另外，只有极少数突变的基因可能会在选择系数的最大似然估计期间引起非收敛性问题，这限制了GUST在发现稀有驱动因子方面的应用。
看完本文之后，主要是了解了一个GUST的方法，然后我觉得这篇文章里面一些具体的数据处理方式对我来说还有点理解上的困难，原理也是理解的马马虎虎，具体说启发的话，暂时还没有什么想法，主要是还不够了解。我觉得可能多看些此类的论文，再回头看会有些收获。

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