常用生物信息学软件介绍和文献依据

名称

简介

参考文献

备注

ALINE

?一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器

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AMDA

用于自动微阵列数据分析的一个R包

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AmiGO

访问本体论和注释数据

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AnnotationSketch

基因组注释绘图库，基因组特征可视化

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Arcadia

代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示

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ArchTEx

下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化

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ArrayExpress

将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中

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ArrayExpressHTS

用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程

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arrayMagic

双色cDNA微阵列质控和预处理

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arrayQCplot

用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件

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BALL

生物化学算法库

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BALLView

用于分子建模研究和教育的一个工具

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BamTools

分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包

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Batch Blast?Extractor

批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序

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BayesPeak

分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别

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BEDTools

比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，GFF格式文件

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BEST

结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序

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BIGpre

一个下一代测序数据质量评估程序包

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BiNGO

一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件

HYPERLINK "/index.php?doc-view-4699.html" \o ?

Bio++

用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++库

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