在linux服务器上使用R语言及Rstudio server

cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本

1. R 程序包获取

查看最新版本的下载链接，使用wget获取

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz

2. 解压：

tar -zvxf R-3.6.1.tar.gz

cd R-3.6.1

3.设置配置文件

./configure

报错

checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no

configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

4. 根据错误提示，安装其他必要程序

yum search libcurl ## 查看镜像服务器有没有“libcurl”程序，有的的话直接用`yum install `命令安装

yum install libcurl-devel ## 安装libcurl程序

yum install readline-devel ## 安装readline程序

yum install bzip2-devel ## 安装bzip2程序

5.重新配置./configure

./configure --enable-R-shlib --with-readline=yes --with-libpng=yes --with-blas -prefix=usr/home/xxx/

重新配置文件增加了'--enable-R-shlib' 参数，

否则再之后安装R-studio-server时会出现 找不到"lib.so"文件的错误。

–enable-R-shlib表示生成libR.so库，这个当需要进行gcc等编译的时候很重要

–with-readline=yes表示用于R shell条件下的调试优化，建议加上

–with-libpng=yes表示可导出png图片

–with-blas表示优化R运算并生成libRblas.so库

–prefix保证最后能完整安装，否则make install会去安装到/usr/lib文件夹下，非root用户没有权限

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages

6.安装

make

make install

安装成功！

R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。

q() ##退出R编辑

7.安装R-studio-server

wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm

### 也可以先查看镜像服务器有没有rstudio-server程序，有的话可用yum install 直接安装。

yum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm

8.R-studio-server的一些命令

rstudio-server start ##启动 rstudio

rstudio-server stop ## 关闭rstudio

rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态

运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动

rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误

rstudio-server restart ##重启

ifconfig ##查看服务器ip地址。

查看运行中R进程

rstudio-server active-sessions

指定PID，停止运行中的R进程

rstudio-server suspend-session

停止所有运行中的R进程

rstudio-server suspend-all

强制停止运行中的R进程，优先级最高，立刻执行

rstudio-server force-suspend-session

rstudio-server force-suspend-all

RStudio Server临时下线，不允许web访问，并给用户友好提示

rstudio-server offline

RStudio Server临时上线

rstudio-server online

8.rstudio-server系统设置

主要有两个配置文件，默认文件不存在(非必要，可不做修改)

/etc/rstudio/rserver.conf

/etc/rstudio/rsession.conf

##设置端口和ip控制:

vi /etc/rstudio/rserver.conf

www-port=8080#监听端口,默认是8787，可以不做修改

www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址，默认0.0.0.0

##设置完成记得重启服务器，生效

rstudio-server restart

##会话配置管理

vi /etc/rstudio/rsession.conf

session-timeout-minutes=30#会话超时时间

r-cran-repos=http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN #CRAN资源库

rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装，更改R所在目录。

9.通过浏览器连接Rstudio-server

直接打开浏览器，输入http://:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件，后面的8787端口改为相应的端口即可。

这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项：

(1).不允许使用system 用户登陆，即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录

(2).用户的认证可以使用RSA。

如果没有普通用户，可以添加：

useradd newname # 添加一个名为newname的用户

passwd newname ###给新用户newname 设置密码，密码需是复杂密码，否则可能通不过。

usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中，

在用useradd添加用户之后，在默认的情况下，该账号是暂时被封锁的， 也就是说，该账号是无法登录，须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。

10可能存在的问题

10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误，这里我将我遇到的错误分享出来

rstudio-server verify-installation

#报错

There *is* a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that

it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I *did not*

configure with --enable-R-shlib.

这里就提到无法找到libR.so文件，原因是配置R语言文件时，没有加参数--enable-R-shlib.

这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装，最好也删除R-3.6.1所在的文件夹，用“rm -r -f R-3.6.1".

使用rm 命令 -r 参数表示全部删除， -f 参数表示强制删除，不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。

10.2 普通用户无法启动rstudio-server

sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令

这时会需要输入密码并提示

xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported.

如果不想出现上面的提示，就是给该用户提高权限，添加用户使用sudo的权利。

su root ###切换到root用户，如果有root权限的话。

chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限

vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件，添加权限。

找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名)

###ps:这里说下你可以sudoers添加下面四行中任意一条

youuser ALL=(ALL) ALL

%youuser ALL=(ALL) ALL

youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL

%youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL

##第一行:允许用户youuser执行sudo命令(需要输入密码).

##第二行:允许用户组youuser里面的用户执行sudo命令(需要输入密码).

##第三行:允许用户youuser执行sudo命令,并且在执行的时候不输入密码.

##第四行:允许用户组youuser里面的用户执行sudo命令,并且在执行的时候不输入密码.

chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限

### 限制普通用户可以使用sudo命令了

11. R中的一些有帮助解决安装问题的命令

R.home() ## 查看R的安装目录

R.Version()[13] ## 查看R版本

Sys.getenv("R_HOME")

.Library ##查看lib位置

.libPaths() ##查看lib位置