#!/usr/bin/python

# -*- coding: utf-8 -*-

# @Date : 2017-02-08 02:04:02

# @Author : XYZ (superxyz@vip.qq.com)

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# @Version : 1.0

def demo(x):

print('-------------------[%s]-------------------'%x)

demo('1.读取树文件')

'''

对象包含树的全局信息，如树是有根树还是无根树。

它包含一个根进化枝， 和以此往下以列表嵌套的所有进化枝，

直至叶子分支。

'''

from Bio import Phylo

tree=Phylo.read('simple.dnd','newick') #读取生成的树文件

print(tree)

Phylo.draw_ascii(tree) #建一个简单的ASCII-art(纯文本)系统发生图

tree.rooted=True #有根树

Phylo.draw(tree)

demo('2.利用matplot包做图并给树的分支上色')

tree=tree.as_phyloxml()

tree.root.color=(128,128,128) #color 颜色属性，width宽度属性

tree.root.color='#808080' #设置根的的颜色会将整个树的颜色变为灰色

tree.root.color="gray"

mrca=tree.common_ancestor({'name':'E'},{'name':'F'})

mrca.color='salmon'

'''

方法 common_ancestor 返回原始树中这个进化枝的引用

定位“E”和“F”最近祖先(MRCA)节点

'''

tree.clade[0,1].color='blue' #索引[1,1]表示根节点的第一个子代节点的第二个子代

Phylo.draw(tree)

import sys

Phylo.write(tree,sys.stdout,'phyloxml') #查看phyloxml文件句柄的输出

demo('3.系统发育树的I/O函数')

trees=Phylo.parse('phyloxml_examples.xml','phyloxml') #使用parse函数迭代给定文件中的每一个树

for tree in trees:

print(tree)

trees=list(Phylo.parse('phyloxml_examples.xml','phyloxml')) #将迭代器转化为表

tree1=trees[0] #第一个树

others=trees[1:] #其它树

Phylo.write(tree1,'tree1.dnd','newick') #写入文件,可以直接在这里转化文件格式

Phylo.write(others,'other_trees.xml','phyloxml')

Phylo.convert('tree1.dnd','newick','tree1.xml','nexml') #将一种树文件格式转化为其它树文件格式，前面是输入，后面是输出

Phylo.convert('other_trees.xml','phyloxml','other_trees.nex','nexus')

from io import StringIO

'''

和SeqIO和AlignIO类似，当使用字符串而不是文件作为输入输出时，

需要使用 "StringIO" 函数。

'''

handle=StringIO('(((A,B),(C,D)),(E,F,G));')

tree=Phylo.read(handle,'newick')

demo('4.查看和导出树')

tree=Phylo.read('example.xml','phyloxml')

Phylo.draw(tree,branch_labels=lambda c:c.branch_length) #利用匿名函数读取分支长度作为分支标签

Phylo.draw_graphviz(tree,prog='dot')

import pylab

pylab.show()

pylab.savefig('phylo-dot.png')

demo('5.调用matplotlib、networkx、Graphviz绘图')

from Bio import Phylo

from matplotlib import pyplot as plt #调用matplotlib绘图

tree = Phylo.read("example.xml", "phyloxml") #读取进化树文件

Phylo.draw_graphviz(tree, prog='dot')

plt.savefig('phylo-dot.png') #保存图片

plt.show() #show()写在savefig前面保存的图片会是空白

tree = Phylo.read("simple.dnd", "newick")

tree.rooted = True #生成有根树

Phylo.draw_graphviz(tree)

'''

最终的显示也受所提供的树对象的 rooted 属性的影响。

有根树在每个分支(branch)上显示 一个“head”来表明它的方向

'''

plt.savefig('phylo-dot-simple.png')

plt.show()

Phylo.draw_graphviz(tree, prog="neato") #“prog”参数指定Graphviz的用来布局的引擎。

plt.savefig('phylo-dot-simple-neato.png')

plt.show()

'''

“prog”参数指定Graphviz的用来布局的引擎。

默认的引擎 twopi 对任何大小的树都表现很好,

很可靠的避免交叉的分支出现。neato 程序可能画出更加好看的中等大小的树，

但是有时候会有交叉分支出现dot程序或许对小型的树有用，

但是对于大一点的树的布局易产生奇怪的事情。

'''

tree = Phylo.read("apaf.xml", "phyloxml") #一根更大的树文件

Phylo.draw_graphviz(tree, prog="neato", node_size=0)

plt.savefig('phylo-dot-apaf-neato.png')

plt.show()

#matplotlib查看器可以放大选择的区域，使得杂乱的图像变得稀疏。