circos 可视化手册-plots 篇

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不论是highlights还是links,展示的都是染色体上某段区域的信息，在实际的数据中，除了区间信息外，还会有该区间对应的数据信息，比如测序深度等信息。对于这种信息，通常我们会通过散点图，折线图等图表来展现，在circos中，也有对应的功能，通过plots这个block ，可以在数据映射到二维坐标系中，然后通过不同的图表类型来呈现。

plots需要的数据格式如下

共4列，空格分隔；前3列定义坐标，包括染色体，起始和终止位置；第4列定义对应的值。在这个文件中，有两点需要注意

区间信息可以是一个点，文件的第2列和第3列定义起始和终止位置，但是起始和终止位置可以相同；
第四列的信息不仅是数字，也可以是文字。数值可以使用散点图等展现形式，文字可以直接标记在图上。

plots的基本用法如下：

在circos中，基本都是通过一个圆环来展示数据的，r0和r1分别定义圆环的内径和外径，肯定是必须的。这里有两个新的参数max和min, 对于散点图等图表来说，是需要一个坐标系的，file文件中的前3列定义了横坐标，纵坐标就是通过这里的max和min来定义；max和min分别定义了纵轴的最小值和最大值，通过将file文件中的第四列的值映射到这个范围，就可以确定在图上的位置。

type定义图表类型，对于plots而言，有以下类型

1. scatter

scatter代表散点图，展现形似如下

2. line

line 代表折线图，展现形式如下

3. histogram

histogram代表直方图，展现形式如下：

4. heatmap

heatmap代表热图，展现形式如下

5. text

text 直接在图上标记文字，展现形式如下

在plots 中，还有两个比较特殊的图表类型，其数据格式和之前的几种类型都不太一样。

1 . tile

tile用于展示染色体区域分布，通过边距，使得相邻区域不会重叠，其展现形式如下：

2. connector

connector用于展示染色体上两个位置之间的联系，它需要的文件格式有点特殊，后续我会详细讲述，其展现形式如下：

上述就是plot的基本概念和展现形式。在实际使用中，plots还可以结合backgrounds, axes, rules 来使用，使图片更加美观。

由于plots中的图表类型过多，每种类型又有很多的细节，针对每种图表类型，在接下来的文章中再单独介绍。

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