宏基因组微生物组微生态杂志简介及2019最新影响因子

文章目录

综合类
- 自然 Nature
- - 自然系统等级简介
- 科学 Science
- 细胞 Cell
- 美国科学院院报 PNAS
- 自然通迅 Nature Communication
Nature子刊
- 自然生物技术 Nature Biotechnology
- 自然方法 Nature Methods
- 其它自然子刊
微生物组领域
- 宿主与微生物 Cell Host & Microbe
- 自然微生物 Nature Microbiology
- 微生物组 Microbiome
- 微生物生态交叉学科杂志 ISME Journal
- CLINICAL INFECTIOUS DISEASES
- 肠道微生物 Gut Microbes
- mBio
- mSystem
- npj Biofilms and Microbiomes
- 微生物学前沿 Frontiers in Microbiology
综述
- 自然综述:微生物学 Nature Reviews Microbiology
- 临床微生物学评述 Clinical Microbiology Reviews
- 微生物与分子生物学评述 MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY REVIEWS
- 微生物学现状 CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY
环境科学
- 水研究 Water Research
- 环境科学与技术 Environmental Science & Technology
- 环境微生物 Environmental Microbiology
医学顶级期刊
- 肠病道 Gut
国内杂志推荐
- 细胞研究 Cell Rsearch
- 基因组蛋白质组与生物信息学报 Genomics Proteomics & Bioinfomatics
- 蛋白与细胞 Protein & Cell
- 遗传学报 Journal of Genetics and Genomics
- GigaScience
- 中国科学生命科学 Science China-Life Sciences
小知识：影响因子
- 影响因子的计算
- 提高引响因子的十条建议
杂志影响因子列表
Reference
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写在后面

2019年6月20日，2018年度的影响因子发布了，各种影响因子汇总的文章瞬间刷爆了朋友圈。

作为本领域的专业公众号，每年都会借此机会系统介绍一下本领域的杂志，为同行阅读文献的选择、杂志投稿、毕业升职加薪助力。

2019争取实现自己一个小目标，集齐CNS！

后台回复影响因子，获得2019最新完整版影响因子、中科院分区、精选本领域杂志影响因子等详细信息。

综合类

综合类就直接上CNS，也称NSC，不熟悉这个新词那应该还不算生物领域的同行。较去年相比，Nature上升2分，Science基本不变，Cell上升5分。

期刊名称	2018	2017	2016
Nature	43.07	41.577	40.137
Science	41.037	41.058	37.205
Cell	36.216	31.398	30.41

自然 Nature

期刊简介：IF(2019): 43.07(↑2)；中科院一区；周刊；18年文章数904篇。

期刊网址：https://www.nature.com/

点评：公认最顶级的综合期刊，影响因子多年稳定在40左右，近三年连续上涨，一直位于CNS之首，近年来微生物组文章多次成为封面，也是同行神往的杂志。但一年仅900多篇的位置，来自全球所有领域的竞争，发表一篇还是相当困难的。其首轮拒稿率就有85%以上，相信感受过其投稿被拒的同行们应该深有体会。

小编有幸投过两次，一次直接拒，一次送审后被拒，至今无发表记录，希望有缘再见。Nature还是比较喜欢菌群研究论文的，我们收到最多的投稿解读都来自此杂志，相关链接如下：

Nature：iHMP之“微生物组与炎症性肠病”
Nat. Med.：iHMP之“微生物组与早产”
Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”
Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少！
Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
Nature综述：宏基因组关联分析
Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
Nature：人类肠道微生物组的肠型
Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征

而且这些全是Nature主刊的文章，如果加上其子刊和综述类，占比可达本公众号涉及文章的一半以上，可见Nature系统在本领域的统治地位般的影响力。

下段引自genemedical上对CNS的评论，感觉很有意思分享给大家

作为三种相互独立的期刊，新词“CNS”已经成为科研工作者，包括学生、技术员、教授口中出现频率最高的词汇之一。在这里没有列出它们的影响因子，因为列出来也毫无意义！诸君估计会问：为什么毫无意义？是因为在乎它们影响因子的人永远也发不了CNS，而能发CNS的人肯定也不在乎其影响因子了。这三个期刊的威力，可以说是能让一个民工瞬间晋升为博导的神器。三者之间的对比，无论它们是20分、30分、抑或是40分，都没有太大区别，其名字本身就是碾压了SCI影响因子的存在。虽然我等可能终身无望发表，但也无碍于我们对它们进行憧憬，就如同笔者虽然买不起“百达翡丽”，但也可以去专柜欣赏把玩一番。CNS虽然都高大上，但是其风格还是各有侧重。从篇幅上来说，Cell篇幅最长，Nature次之，Science最短。其中Cell读起来最为畅快，故事完整，逻辑清晰，思路缜密，意义重大，而Nature和Science，通常正文只有2-3页，3-4组图，其篇幅偏短，字体偏小，晦涩难懂，让人感觉每一句话都暗藏玄机，读起来浑身不爽。通常还要打开几十页的补充材料，与正文相互比证，短短的几页文字阅读时间通常比十几页的Cell还要长。至于CNS的投稿要求，笔者就不展开介绍了，以免美捷登认为我有骗取稿费之嫌。

自然系统等级简介

首先要知道，自然杂志是一个多达50本杂志的出版集团，自上而下分为五个等级体系，每一级如果被拒稿可依次往下申请转稿。

自然(Nature)。综合期刊，接收最顶级的研究，同时要考虑非同行的读者可以阅读或有广泛受众的要求。2018年904篇文章，有略微增长的趋势，但限于纸质版周刊，文章量上升空间有限，版面极稀缺，此杂志绝对是让博士瞬间变博导的第一神器。
自然子刊(Nature XXX)。XXX代表专业领域顶级期刊，影响因子范围一般10 - 40，只是学科不同，但不影响其作为各领域顶级期刊的地位。虽然自然生物技术(15年引影响因43)高于自然(38分)5分多，但很多文章仍是自然拒稿转投的产物。自然主刊的认可度和传播影响是其它杂志无法比拟的。
自然通讯(Nature Communication)。开创性研究成果，主要承接自然及子刊拒稿的顶级研究。开放获取，但收取出版费(虽然子刊有可能没有通讯IF高，但定位是高于通讯的)。影响因子稳定，发稿量18年5000多篇，中国是第二大发文国，近三年发表2734篇。
通讯系列(Communications XXX)。承接自然子刊和通讯拒稿，要求有一定创新性研究成果，去年刚开始发行，最早也要2021年才会有影响因子，预测影响因子会在6-10分之间，其中与我们相关的通讯生物(Communications Biology)应该最高，大概率在8分以上。https://www.nature.com/commsbio/
科学报告(Scientific Reports)。影响因子4.0，即能承接上面4级筛选后的文章，肥水不流外人田；又可以抢占开放获取市场巨大的蛋糕，文章只要求科学性，不要求创新性，接收率60%。近3年发表文章6万多篇，中国大陆发表19165篇，是本刊第一大金主。要知道每篇文章的出版费用达人民币1.2万元(1760$)，近2万篇文章的资金流水近2.4亿多元。
https://www.nature.com/srep/

虽然目前自然出版集团杂志种类不多，但占领了各领域的高端用户，并作凭借其影响力，火力全开吸纳中低端用户，5级金字塔模式——精确满足不同层次客户，在科研领域的影响力无人能比。此外Nature还众多合作期刊，如本土一哥Cell Research，此还有还众多npj开头的杂志，玩法多多，全面迎合快速发展的学术出版领域。

科学 Science

期刊简介：IF(2018): 41.037(→); 中科院一区；周刊；年文章数800篇。

期刊网址：http://www.sciencemag.org/

点评：顶级的综合期刊，生物领域CNS三巨头之一，文章正文篇幅短小，题材偏科普，要求受众广泛。近两年影响因子稳定40以上，看来照顾非专业读者才更有前景，近年来微生物组文章多次成为封面，也是同行神往的杂志。如上图左1的封面即为中科院微生物所王军老师一作的代表性研究。
小编也参与投稿过两次，一个直接被拒，基本就换杂志吧，最后我们投了《中国科学》；另一次投稿送审，第一轮大修并被拒，按要求补实验后重投再送审小修并改Report为Article，并按审稿人建议将拟南芥的研究补充水稻和小麦的研究以拓展研究意义的广泛性和扩大读者群，才最终被《科学》接收。能搭上Science的车可让成果传播极广，即使我研究植物微生物组这么小众的领域，文章发表后当月阅读过万，且被引用3次，这也许才是大家想发CNS的最终目的——科学传播。

Science也比较喜欢菌群研究，本平台导读过如下相关成果：

专家点评Science：中英合作揭示拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组
Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用
哈扎人菌群季节变化——3分和30分文章差距在哪里？
Sciences：用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌！
Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
尸体死亡时间预测——16S+功能预测发Sciences

细胞 Cell

期刊简介：IF(2018): 36.216(↑5); 中科院一区；双周刊；年文章数400篇。

期刊网址：https://www.cell.com

点评：生物领域顶级期刊，CNS三巨头之一，文章正文篇幅长，要求机理解析清楚，学术性非常强，插图摘要(Graphic Abstract)是其杂志的一大特色，影响因子稳定在30以上，连续三年上涨。小编投过一次送审，大修建议并拒稿，按要求修改后连同意见转投NBT一轮小修后接收。

去年三月推出的菌群专刊上(上图左1)，让无数同行为之疯狂：

Cell：22篇微生物文章为微生物组打Call

本平台导读过如下相关成果，1篇研究和4篇综述：

Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
Cell综述：人与肠道菌群休戚与共的一生
Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
Cell：代谢控制中的脑肠轴
Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？

为什么我们很少推送过Cell文章的Aritle文章？因为文章太长，无论是编辑整理，都不太适合大众阅读。在文献科普导读领域，有热心肠己经非常专业了，有更深层次需求的专业人士，自然会仔细阅读原文。

美国科学院院报 PNAS

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA

期刊简介：IF(2018): 9.580(→)；中科院一区；周刊；年文章数约3200篇。

期刊网址：http://www.pnas.org/

点评：其全称为 Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of America。曾经是综合期刊类影响因子世界第三，现己被后起之秀Nature Communication、Science Adavances等新兴期刊超越。但其强大的院士编委团队、总引用量还是可以和CNS比肩的。比较有特点的是院士贡献机制，每位美国科学院院士(包括外籍)每年最多可使用三次Contribute的机会，即采用审稿人指定两位同行院士直接审稿的机制。有人认为Contribute有灌水嫌疑，也有人认为此类文章更有价值(用人单位更愿意选择有多篇Contribute PNAS的作者作为引进人才，正是看中你院士导师对你的认可，和他强大的院士朋友圈，万一投稿不顺还可以求助前老板发动技能来个PNAS保底)。

值得注意的是，综合杂志上发表的生物学文章，一般真实引用都是高于杂志影响因子的(因为生物圈子足够大，学科交叉强，需要引文偏多三大原因)，都是杂志中拉分的主力。如我们报导过的下面这篇文章，发表不到三年，引用297次，比Nature平均引用还高一倍。

PNAS：水稻微生物组

这里还要提另一个身份的事也能证明PNAS的地位。研究所4个人申请博新计划，2人有PNAS全部入选，2人有Cell Rsearch都没有入选。个例，没有统计为意义！

PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象
PNAS：病原菌在植物免疫下的转录组
PNAS：根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
PNAS：玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物方法解读
PNAS：人工构建玉米极简微生物组
PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿？

自然通迅 Nature Communication

期刊简介：IF(2018): 11.878(↓1); 中科院一区；年文章数5058篇。中国是第二大发文国，近三年已经发表2734篇。

影响因子较稳定，而其中的生物学文章更是拉分能手。如：

NC：16S序列预测培养基配方
Nat. Commun.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性
NC：蜜蜂肠道微生物的多样性

Nature子刊

自然生物技术 Nature Biotechnology

期刊简介：IF(2018): 31.864(降4分); 月刊，分类为生物技术与应用微生物(Biotechnology & Applied Microbiology)，中科院一区；年文章数100篇左右。

点评：本期刊文章量少，年均100篇左右，却拥有4万左右的引用量，影响因子波动3-5分比较正常，但无论它是30分还是40分，绝对不会影响它作为生物领域技术一哥的地位。小编在参与投稿此杂志两次全中，一篇作为封面文章发表(上图右)，另一篇已经接收正在出版，估计1-2个月就会和大家见面啦！

此刊发表有大量本领域的方法、软件、测评的文章，在图中的三次封面：18年11月宏基因组建库组装方法、19年2月超高速细菌基因组检索、和19年6月水稻根系微生物组，本平台均进行了专题报导。我们报导了10多篇此杂志文章如下：

NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用
NBT：19新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究
NBT：根际微生物组抗番茄枯萎病 PPT思路梳理
NBT：宏基因组"读云"建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
NBT：超高速细菌基因组检索技术
NBT：宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性
PICRUSt——16S预测宏基因组
DNA提取也能发Nature？
NBT：实验vs分析，谁对结果影响大
NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长
NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning

自然方法 Nature Methods

期刊简介：IF(2018): 28.467(升2分); 月刊，生物化学研究方法(Biochemical Resarch Methods)，中科院生物化学研究方法 ( 一区 )；年文章数150篇左右。

方法学神刊，影响因子在30左右波动，生物学软件方法、评测类文章能发于此，是很多同行的追求(极少数可发NBT，如PICRUSt和QIIME2，但可望而不可及)，此杂志要求不仅要软件好用，更要结合具体科研项目提供新的发现。如扩增子领域的UPARSE、DADA2、UniFrac、SourceTracker等，宏基因组领域的MetaPhlAn2、HUMAnN2、Salmon等均发表于此杂志，本平台报导此杂志文章如下：

SourceTracker—微生物来源分析
DADA2中文教程v1.8
MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
Nature Method：HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率
Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
不比对快速估计基因丰度Salmon
Nature Method ：Striped UniFrac算法分析微生物组大数据

Salmon是一个能看出平台重要性的例子。同一个软件在bioRxiv上两年多才引34次，发布在Nature Methods上几个月就引用64次。单位时间差距至少5倍以上，所以好方章有好的宣传平台，影响力不言而喻。

其它自然子刊

自然子刊的成员非常之多，但定位均高于Nature Communication，虽然有些子刊影响因子低于NC，但也是有被拒后转稿至NC的机会。

下方再简介三个我们报导过菌群文章的相关子刊

Nature Medicine：IF(2018): 30.641(↓2); 中科院一区；月刊，年文章数190篇。

Nat. Med.：iHMP之“微生物组与早产”
Nat. Med. ：婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态
Nat. Med.:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？

Nature Genetics：IF(2018): 25.455(↓2); 月刊，遗传学 (一区)；年文章数200篇。近5年影响因子连续下降，也许和GWAS热度下降有关，但微生物组的GWAS才刚刚开始

Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？评论正文

Nature Plant：IF(2018):13.297(↑2); 植物学 (一区)。 曾经的植物学霸主Plant Cell目前只有8.6，不知什么心情，但大家都很努力，比如要求接收稿件配套写好中、英宣传稿。

Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组

微生物组领域

宿主与微生物 Cell Host & Microbe

期刊简介：IF(2018): 15.753(↓2); 月刊，分类为微生物学(microbiology)、寄生虫学(parasitology)和病毒学(virology) 中科院一区；年文章数130篇左右。

前几年影响因子持续走高，只有今年略有下降，近5年范围12-18分间，仍然微生物领域影响因子最高的专业杂志(综述除外，自然微生物综述34.6/临床微生物综述17.7高于此杂志)。本平台也导读过多篇此杂志文章如下：

CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关
CHM：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪
CHM：新生儿肠道微生物菌群研究
CHM:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关

自然微生物 Nature Microbiology

期刊简介：IF(2018): 14.3(↑); 微生物学1区；年文章数141篇。随着微生物组领域大热，自然杂志虽然已经有ISME统治微生物领域，但也继续发力创办了微生物学子刊，该杂志今年首次获得影响因子即破14，第二年微涨，将来稿源会更加充足，水平有望进一步稳中提升，直接填补了本领域从40分(CNS)到9分(Microbiome、ISEM J)中间的空白地带。会与Cell Host & Microbe竞争专业第一的位置，且稿件研究内容更广泛。

在已经有Nature Reviews Microbiology的条件下，该杂志仍继续约大牛发综述，保证其影响因子处于高位。

Nmicrobiol：植物根系分泌物影响菌群结构
Nmicrobiol：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
Nmicrobiol: 西农大许金荣课题组在小麦赤霉病研究领域取得重要突破
Nature综述：肠道菌群如何划分肠型
Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组

微生物组 Microbiome

期刊简介：IF(2018): 10.465(↑); 月刊，中科院一区；年文章数63/154/220篇。

期刊主页：https://microbiomejournal.biomedcentral.com/

本领域我个人最喜欢专业期刊，名字起的好，发展没烦恼。当年我们创办公众号就想注册微生物组这个名字，结果被人抢注了。只能退而求其次选择了宏基因组。

本杂志获得影响因子仅有3年(微生物组兴趣也没几年)，发文量逐年增长较快，但在同行中影响很大，我们也导读过其多篇文章，偏方法多一些，估计将来会稳中有升，但如果杂志进一步扩容的话，影响因子也很容易大幅回落。大陆为本杂志第二大稿源，近3年已发表66篇，下面是7篇同行发表文章的作者解读：

Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布
Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌
Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展
Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？
Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)
Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关
Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组

微生物生态交叉学科杂志 ISME Journal

期刊简介：Nature子刊，全称Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology(微生物生态交叉学科杂志)，IF(2018): 9.493(→)；月刊，中科院一区；年文章量250篇左右。微生物领域老牌顶级杂志，近5年发稿量和影响因子非常稳定。

期刊网址：http://www.nature.com/ismej/index.html

ISME：病原菌介导植物根际有益微生物群落组装
ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识

CLINICAL INFECTIOUS DISEASES

期刊简介： IF(2018): 9.055(→); 医学 1区 "IMMUNOLOGY 免疫学 1区
INFECTIOUS DISEASES 传染病学 1区
MICROBIOLOGY 微生物学 1区。近五年文章数稳定在550左右，影响因子也稳定于9以上。

肠道微生物 Gut Microbes

期刊简介： IF(2018): 7.823(↑); 双月刊，新刊无中科院分区，SCI微生物领域1区。近三年文章数稳定在50左右。

mBio

期刊简介： IF(2018): 6.747(→); 微生物学(二区)。近五年文章数稳定在500左右，影响因子也稳定于6以上，审稿周期平均1.4个月，由美国微生物学会主办。

期刊主页：http://mbio.asm.org/

mBio：微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性

mSystem

期刊简介： IF(2018): 6.519(↑); 微生物学(二区)。18文章数134左右，影响因子也稳定于6以上，由美国微生物学会主办。

npj Biofilms and Microbiomes

期刊简介： IF(2018): 6.333(↑2); 微生物学(二区)。年文章数30左右，新杂志，去年首个影响因子为4，今年破6。

微生物学前沿 Frontiers in Microbiology

期刊简介： IF(2018): 4.259(↑); 微生物学 ( 二区 )，年文章数2111/2510/3177篇，影响因子稳定在4以上，审稿周期平均1.8个月。由于其巨大的发行量，我们平时会经常看到它的文章，我国是本刊第一稿源国，近三年发表2112篇。

期刊主页：http://journal.frontiersin.org/journal/microbiology

综述

自然综述:微生物学 Nature Reviews Microbiology

期刊简介：IF(2018): 34.648(↑3)，月刊，微生物学 (一区)；年文章数50篇。随着微生物组领域大热，该杂志近5年影响因子持续走高，去年直接提高5分破30，今年又涨3分。可见微生物组领域的大热势不可挡。

点评：此外还有自然综述系列，定位和自然子刊水平差不多，但基本都是约稿，被约的人都是在主刊和子刊发表系列工作、开创新领域的大佬们，能被约就是对你大佬身份的认可。
作为连续走高的30分以上综述，确实篇篇给力，只要和你的研究相关，确实值得精读，一篇顶百篇，超级系统的入门材料，系统文献一网打尽。还不知道如何入行的，快找两篇和你相关的文章，读懂读透，可最高效入行。本平台报导过以下8篇：

NRM：微生物构成的氮循环网络
NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
NRM：多年冻土的微生物组
NRM：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人

临床微生物学评述 Clinical Microbiology Reviews

期刊简介：IF(2018): 17.75(↓3); MICROBIOLOGY 微生物学 1区，医学1区，季刊；年文章数30+篇。

微生物与分子生物学评述 MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY REVIEWS

期刊简介：IF(2018): 15.255(↑2); 生物 1区 MICROBIOLOGY 微生物学 1区
，季刊；年文章数20篇左右。

微生物学现状 CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY

期刊简介：IF(2018): 6.916(↑); 双月刊；生物 2区 MICROBIOLOGY 微生物学 2区
；年文章数120篇左右。

COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学

环境科学

水研究 Water Research

期刊简介： IF(2015-2016): 7.913(↑); 环境科学与生态学 1区 "ENGINEERING, ENVIRONMENTAL 工程：环境 1区
ENVIRONMENTAL SCIENCES 环境科学 1区
WATER RESOURCES 水资源 1区，年文章数850篇左右，影响因子持续上升，审稿周期平均2.0个月。

期刊主页：https://www.journals.elsevier.com/water-research/

环境科学与技术 Environmental Science & Technology

期刊简介： IF(2018): 7.149(↑1);环境科学与生态学 1区，半月刊，年文章数1500篇左右。

期刊主页：https://pubs.acs.org/journal/esthag/

环境微生物 Environmental Microbiology

期刊名称：Environmental Microbiology

期刊简介：IF(2018): 5.147(↑); 微生物学 (二区)，月刊；年文章数378/365/308篇。

经典老牌杂志，去年滑至5以下，不过近年来文章数在下降，影响因子可能进一步回升。

期刊网址：http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1111/(ISSN)1462-2920

医学顶级期刊

医学领域四大神级医学周刊是我们医学生的梦想。其按照影响因子出场如下：

New England Journal of Medicine (NEJM, 70.67↓, 新英格兰医学杂志)
Lancet (Lancet, 59.102↑, 柳叶刀)
Journal of the American Medical Association (JAMA, 51.273↑, 美国医学协会杂志)
British Medical Journal (BMJ, 27.778↑, 英国医学杂志)

这四个杂志发表很多微生物的文章，但目前与我的研究方向关系不大，很少读，希望将来有合适的课题，优势互补，开拓一下这些神刊。

肠病道 Gut

期刊简介：IF(2018): 17.943(↑); GASTROENTEROLOGY & HEPATOLOGY 胃肠肝病学 1区，医学1区，月刊；年文章量近200篇。近几年肠道菌群大热，Gut上也表达了大量菌群研究的工作，每期必备Gut Microbiota栏目，也推动了本杂志影响因子5连涨，从10分达到今年17。

下文是中科院北京生科院赵方庆团队作品，由一作导读和分享PPT。

一作解读Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康

其它本杂志相关文章解读

Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎
Gut菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解
Gut-口腔微生物可以预测直肠癌

国内杂志推荐

目前国内有很多高水平的杂志了，而且也非常关注微生物组领域的研究，有好成果发表在国内好杂志，不是更好吗？

细胞研究 Cell Rsearch

期刊简介：IF(2018): 17.848(↑2); 细胞生物学 (一区)；年文章数75篇左右。一直是中国杂志IF的一哥，从14年1分一路涨到现在的17分，中国办刊的榜样。

我们报导过其中两篇

Cell Research封面 | 刘志华组揭示肠道菌群可促进胰岛素的分泌
CR：潘涛/骆观正合作团队揭示肠道菌群调控宿主RNA甲基化和基因表达新机制

基因组蛋白质组与生物信息学报 Genomics Proteomics & Bioinfomatics

期刊简介：IF(2018): 6.519(→)。中科院基因组所主办的杂志，去年首次获影响因子即破6，今年基本持平。文章偏生信、基因组和蛋白组，非常关注宏基因组。大家亲切的称它为基因组所刊，近期还成立了中国的大数据中心GSA，无论是投稿，还是数据共享，都值得同行关注。

小编在4年前投过此杂志，审稿和后期处理速度很快，从投到接收不到一个月，其工作效率可见其前途。

GPB：农业生产活动对水体微生态的重要影响
GPB：菊粉改善糖脂代谢紊乱作用的机制

蛋白与细胞 Protein & Cell

期刊简介：IF(2018): 7.575(↑)。中科院北京生科院所主办的杂志，饶子和院士任主编，近5年从2.8分稳步增长，今年影响因子破7，去年还组织了微生物组专刊，值得同行关注。

期刊网址：http://www.protein-cell.org/

PC：解析宿主基因组和微生物的复杂互作
PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身

遗传学报 Journal of Genetics and Genomics

期刊简介：IF(2018): 4.65(↑)。月刊，年文章量50篇左右。中科院遗传发育所、中国遗传学会主办的杂志，主编薛勇彪，影响因子近5年稳步增长并翻倍，，预计两年内可实现破5，值得同行关注。

期刊网址：http://www.jgenetgenomics.org/

还在为投文章发愁吗，也许你更适合审别人的文章——JGG期刊专职编辑招聘（IF>4）

GigaScience

期刊简介：IF(2018): 4.688(↓3); 综合学科 (二区)；年文章数47/139/133篇左右。大家亲切的称它为华大学报，关注大数据还是有钱途的。

此杂志从去年的7.2直接跳水为4.6，还是挺吓人的。原因主要有两点，1. 之前发表了Plink2软件引用占总引用的40%，但进入第3年不计入影响因子计算；2. 杂志这两年发文章直接提高了3倍也需要适应。以目前的体量，上升较难。

我们报导过其中两篇，分别为数据分析框架和MWAS分析的工作，如下：

GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析

此外，具我所知，我们宏基因组0号群里的中农周欣教授，新加坡的李陈浩同学都在此杂志上发表过多篇高水平文章，值得关注。

中国科学生命科学 Science China-Life Sciences

期刊简介：IF(2018): 3.583(↑)。月刊，发文量137篇。中国科学生命科学，由中科院主办，李家洋院士任主编，今年影响因子破3.5，连续4年走高且实现倍增，预计影响因子将持续走高。审稿速度快，上图封面文章从投稿到接受只有7天，可见编辑部的工作效率，将来必有更大发展。但受总发稿量较大，题材广泛，很难有最快速发展。

目前已经开始关注本领域的研究，如今年本月的封面文章即为水稻微生物组相关工作，值得同行关注：

手把手带你重现菌群封面文章全部结果图表
中国科学：中科院遗传发育所揭示拟南芥二半萜对根系微生物组的调控机制
SCLS: 中国科学7月微生物组专刊：赵立平、秦楠、东秀珠领衔

期刊网址：http://life.scichina.com

小知识：影响因子

影响因子的计算

ISI每年出版JCR期刊引用报告 (Journal Citation Reports)评估期刊的影响力。

JCR对12500多种期刊(网络版) 之间的引用和被引用数据进行统计、运算，并针对每种期刊定义了影响因子 (IF: impact factor)等指数加以报道。

影响因子计算如下：IF = (某刊前2年发表论文在该年的被引用次数) / (该刊前2年发表Article+Review论文总数)

提高引响因子的十条建议

根据上面的计算公式，我们发现可以通过增大分子(引用次数)、减小分母(论文总数)来快速提高影响因子。

具体的作法有哪些呢？

编辑的眼光：倾向选择将来2年内容易获得较高引用的方向和研究内容；
出版平台：同样的文章在Nature大平台曝光会比在bioRxiv上引用高5倍；
社交平台：宣传很重要，成果由编辑部、作者共同经tweet、朋友圈和公众号介绍给同行；文章和杂志同行没听过，如何引用你！推荐杂志社要办自己的自媒体，如公众号，更要多与一些同行大号合作，如BioArt、植物科学最前沿、热心肠先生等合作。当然我们的“宏基因组”在本领域也是有一定影响力的，欢迎同行杂志合作。现在Plant Cell接收的文章就要求必须提高新闻稿件。
开放获取：没名气还收费，不作就不会死；
约稿大牛：这需要关系，发动编辑、主管领导、及二级人脉，无论什么手段，拿到高质量的稿件是最实在的东西；约大牛当guest editor：办热门领域专刊，只赚不赔；
发表时间：通常年初发表的的文章，在JCR统计中更容易积累更多引用，杂志社倾向将高引年初发表，低引年末发表；
口味的倾向：现在生物学交叉学科众多，如生信、软件、方法和宏基因组等热门方向，都是生物杂志应优先考虑的；
综述：综述通常是比研究更容易引用的，一般引用率是2倍以上，保证一定比例的大牛综述很重要；
可视化和分析软件及流程：研究被引用频率不会太多，但通用的分析、可视化是很多人需要求，好的生物软件、在线server、分析流程绝对受同行欢迎，NAR的很多引用都来自其web server专刊；
减小分母：注意，有些文章是可以被引用，但并不计入影响因子计算的论文总数，如letters to the editor、comment、news、annoucement、outlook、persepctive等类型(其特点是没有摘要或参考文献的文章)不会作为Article或Review作为可引用文献被JCR统计，但它们的引用是统计入分子的。将潜在低引文章转换类型，增加这些类型文章的比例，增加存在感，减少文章作为分母。

杂志影响因子列表

仅列出了本领域常用的3分以上杂志列表，按影响因子排序。

注：文本版方便复制、检索。

Rank	Full Journal Title	Cites	IF
13	NATURE	745,692	43.07
14	SCIENCE	680,994	41.037
18	CELL	242,829	36.216
20	NATURE REVIEWS MICROBIOLOGY	29,637	34.648
29	NATURE BIOTECHNOLOGY	60,971	31.864
31	NATURE MEDICINE	79,243	30.641
34	NATURE METHODS	64,324	28.467
45	NATURE GENETICS	93,920	25.455
94	CELL RESEARCH	15,131	17.848
92	GUT	43,400	17.943
95	CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS	19,194	17.75
124	Cell Host & Microbe	17,787	15.753
131	MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY REVIEWS	11,790	15.255
149	Nature Microbiology	4,996	14.3
169	Nature Plants	3,979	13.297
198	TRENDS IN MICROBIOLOGY	12,514	11.974
214	FEMS MICROBIOLOGY REVIEWS	12,528	11.524
258	Microbiome	4,428	10.465
269	Annual Review of Microbiology	10,068	10.242
289	PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA	661,118	9.58
297	ISME Journal	23,603	9.493
321	CLINICAL INFECTIOUS DISEASES	64,031	9.055
347	PLANT CELL	52,034	8.631
402	WATER RESEARCH	87,258	7.913
408	Gut Microbes	3,203	7.823
436	Protein & Cell	3,243	7.575
493	ENVIRONMENTAL SCIENCE & TECHNOLOGY	173,191	7.149
526	CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY	10,298	6.916
553	mBio	16,500	6.747
575	GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS	1,612	6.597
586	mSystems	1,003	6.519
603	CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION	17,929	6.425
627	npj Biofilms and Microbiomes	475	6.333
648	Emerging Microbes & Infections	1,941	6.212
782	CRITICAL REVIEWS IN MICROBIOLOGY	2,694	5.697
946	ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY	22,923	5.147
1156	GigaScience	2,674	4.688
1180	Journal of Genetics and Genomics	2,005	4.65
1409	Frontiers in Microbiology	40,275	4.259
2038	Science China-Life Sciences	2,451	3.583

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Reference

JCR https://jcr.clarivate.com/

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