RNAcentral:非编码RNA数据库

2024-06-21 07:54:08

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RNAcentral是由EBI开发的一个非编码RNA数据库，整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多个数据库中的非编码RNA信息，旨在为ncRNA的研究提供一个统一的参照，网址如下

https://rnacentral.org/

目前最新版本为v10, 整合了来自miRBase v22和LNCipedia 5.0版本的最新数据，同时新增了reads mapping和GO 注释，示意如下

整合的所有数据库列表见如下链接

https://rnacentral.org/expert-databases

示意图如下

对于每一条非编码RNA的序列，RNAcentral会给出1个唯一的编号Unique RNA Sequence identifier，前缀为URS ，后面是10个数字和字母的组合，比如URS0000000001, URS00000478B7， URS编号符合 /URS[0-9A-F]{10}/ 正则表达式。

RNAcentral 提供了3种检索方式

1. Text Search

通过text search这种检索方式，我们可以选择下列几种过滤方式，对数据进行筛选

筛选好之后，可以点击右上角进行下载

2. Sequence search

通过sequence search检索方式，我们可以对一条序列进行注释

输入一条fasta 序列，RANcentral 会使用 nhmmer 进行比对，将比对上的数据库中的序列输出，这样我们就可以对序列进行注释了，判断它是哪种非编码RNA。

3. Genome browser

该数据库提供了FTP和API服务，用于抓取数据，FTP的地址如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/RNAcentral

通过该数据库，我们可以方便的对各种ncRNA进行注释。

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