GROMACS 分子模拟使用

参考：
http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/
https://jerkwin.github.io/

流程图

GROMACS 分子模拟使用

1、下载pdb、及去掉水分子

wget http://www.rcsb.org/pdb/files/1AKI.pdbgrep -v HOH 1AKI.pdb>1AKI_clean.pdb

2、pdb2gmx模块拓扑文件生成

gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce##然后选择15力场

3、定义单位盒子并填充溶剂

gmx editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubicgmx solvate -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top

4、添加离子

##ions.mdp 文件下载
wget http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/Files/ions.mdp  gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr


gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
##选择第13组"SOL"用于嵌入离子

5、能量最小化

##minim.mdp 文件下载
wget http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/Files/minim.mdpgmx grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr

gmx mdrun -v -deffnm em

6、分析

gmx energy -f em.edr -o potential.xvg##选择输入 10 然后0

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