4DGenome:染色质相互作用数据库
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4DGenome是一个染色质相互作用数据库,采用了文献检索和软件预测两种手段来得到染色质相互作用,收录了来自5个不同物种共7百多万条互作记录,网址如下
https://4dgenome.research.chop.edu/
涵盖的5个物种列表如下
Homo sapiens(hg19)
Mus musculus(mm9)
Drosophila melanogaster(dm3)
Plasmodium falciparum(3D7)
Saccharomyces cerevisiae(sacCer3)
该数据库中收录的染色质互作信息来源于以下多种技术手段
3C
4C
5C
Capture-C
ChIA-PET
Hi-C
IM-PET
不同物种和不同技术手段对应的数量显示如下
输入基因组区域或者基因名称,都可以检索相关信息,检索框示意如下
检索结果如下所示
点击Details
可以查看详细的互作信息,InteractorA和InteractorB给出了互作的两个染色质区域的位置信息,Agene和Bgene表示与互作区域存在overlap的基因名称, Contact Frequency表示互作频率,LInk链接的是pubmed数据库,可以查看对应的具体文献。
通过该数据库,可以检索多个物种的染色质互作信息。
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