1、misa统计SRR结果

参考：

https://www.sogou.com/link?url=hedJjaC291NYNxVe4xgB4c3bUxXRMqZrT93cntTAgYfyBbRAdP9kIA..

https://liucheng.name/457/

官网下载：

https://webblast.ipk-gatersleben.de/misa/index.php?action=3&help=2 ##下载misa

https://webblast.ipk-gatersleben.de/misa/index.php?action=3&help=3 ##下载p3_in.pl p3_out.pl

1、运用misa：perl misa.pl prefix.10k.fa ##fa序列必须有两个点隔开生成，并且misa.pl 的同一目录下有参数文件misa.ini 。生成结果prefix.10k.fa.misa , prefix.10k.fa.statistics

prefix.10k.fa.misa ：以表格的形式列出微卫星的类型和位点；

prefix.10k.fa.statistics ：统计微卫星的类型和频数；

2、perl p3_in.pl prefix.10k.fa.misa ##对prefix.10k.fa.misa 增加参数是适应primer3_core 的输入格式，输出结果是 prefix.10k.fa.ssr.p3in

3、primer3_core 运行生成、home/renpp/biosoft/primer3/primer3_core <prefix.10k.fa.ssr.p3in >prefix.10k.fa.ssr.p3out ##输出结果是prefix.10k.fa.ssr.p3out

4、p3_out.pl 对设计好的引物进行处理，生成自然阅读的格式 perl p3_out.pl prefix.10k.fa.ssr.p3out prefix.10k.fa.misa ##生成结果是prefix.10k.fa.ssr.p3out.primer.xls

转载于:https://www.cnblogs.com/renping/p/10938081.html

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