Materials Studio 做分子动力学MD(CO2为例)
1.新建CO2模型
(1)首先在MS中新建一个项目,命名为MD,然后把CO2的.pdb文件拖进来,.pdb文件可以根据GaussianView得到,百度也搜得到。
(2)然后建立块体。点击Modules➡Amorphous Cell➡Calculation。如图所示。
(3)选择块体的大小,输入分子的个数,其他参数可以再具体设置。如图所示。
(4)运行出来后出现下图所示的界面。
2.导入力场force field。点击Modules➡Forcite➡Forcefield Manager,如图所示,打开力场的选择界面,根据自己的要求导入合适的力场,如图所示。
3.分子动力学模拟。点击Modules➡Forcite➡Calculation,如图所示。打开参数设置界面,如图所示。
然后就可以运行了,50个分子应该要不了多久的。运行结束后,会有一些中间的数据文件,比如能量、温度,如图所示。
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