RDKit | 基于RDKit描述三维分子形状(3D描述符)
近年来,表达分子的三维特征变得越来越重要。已经提出了许多3D描述符,这次将介绍它们中经常使用的三个,Fsp3,PMI和PBF。
Fsp3是分子复杂性的指标
二甲基吡啶及其不饱和化合物二甲基哌啶中可以存在多少种异构体?答案是前者有5种,而后者有34种,包括旋光异构体。由于分子量几乎相同,因此简单地将芳族化合物更改为脂肪族化合物会增加分子的复杂性,并大大扩展了化合物可以覆盖的化学空间。
2009年,Lovering及其同事提出了一个名为sp3碳(Fsp3)在总碳中所占比例的描述符的重要性,以作为该化合物复杂性的指标,同时研究了该化合物的开发和结构 。当然,有许多药物是从天然产物中衍生出来的,而且众不对称碳的比率是天然产物的指标,因此他们的想法并不是特别新颖。
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