RDKit | 基于多片段的分子生成（骨架A+骨架B+骨架C）

通过BRICS算法产生片段库
通过结合三个片段（A，B，C）生成ABC型分子。

环境

Win10
RDKit2020.09.1
Python=3.7.9

基于多片段的分子生成

导入库

import numpy as np
import itertoolsfrom rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw, BRICS, Descriptors
from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors
print(rdBase.rdkitVersion)

2020.09.1

载入数据

suppl = Chem.SDMolSupplier('logSdataset1290_2d.sdf')
mols_list = [mol for mol in suppl if mol is not None]

准备片段数据集

fragment_set = set()
for mol in mols_list:fragment =

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