生信学习过程中遇到的问题

前言：记录在自学生信过程中所遇到的一些问题，如何去解决的。希望我的经验可以对他人有帮助。

注意:不要复制代码，因软件版本更新等问题，命令会变化的。重点学习怎么去解决问题。

一：执行zcat cz2_1.fq.gz，屏幕出现了群魔乱舞，想要恢复到正常的命令行模式下。

1、直接终止正在运行的程序，使用ctrl+c。

2、让程序进入后台运行，使用ctrl+z，进行暂停程序。

jobs -1 看看后台的程序

bg 1 后台运行刚刚暂停的程序

二：在使用bwa建立index后，align总是出现各种问题，弄了一个多星期。

尝试更新bwa，使用bowtie2

错误提示：none of --samples-file, --ploidy or --ploidy-file given, assuming all sites are diploid

内存不够，加上-t 参数就可以了。

bwa mem -t 2 zs.index/zs.ref.fasta cz2_1.fq.gz cz2_1.fq.gz >cz2.sam

三：利用bwa建立index遇到的问题

错误提示：

使用的错误命令是：

解决办法：

遇到这种情况，改用bowtie2了。

Bowtie2也遇到这种问题，那就不是软件的问题了，而是操作的问题。

Bowtie2的解决办法是: index文件是 ~/reference/index/bwa/hg19/hg19.index

注意最后一个是文件 hg19.index ，hg19文件夹里面是建好的index文件，最后一个文件是index五个文件的共同前缀。

四、GATK 下载之后无法运行的问题。

只出现这个，没有下文了。

看生信技能树中讲到这个命令是可以运行的，gatk版本也是4.0，那是哪里出问题了呢？看看说明：java必须要在1.8以上，我的只有1.7,找到原因了。

那就是更新java到1.8就可以了。

简要介绍：下载java-解压-修改PATH。

gatk4.0 运行命令：gatk --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./" FixMateInformation 就可以试试。

五、用bowtie2建立hg38的index。

问题是：下载hg38的参考基因组，发现有十几个文件，怎么建立index呢？

这里首先理解为什么需要建立index，我的理解是，index就像书本的目录一样，让软件快速定位识别出有用的信息。

参考网上的教程，使用命令老是出错。

一般建立index应该是一个文件的，hg38解压之后大约3G，如果是多个文件，你只需要带有chr这样的,chr1\chr2\chr3.fa.gz类型的，不要其他的。

cat chr?.gz >hg38.fa.gz 合并成一个文件。3G

bowtie2-build hg38.fa.gz ./ 注意，这里的bowtie2-build 没有空格的

六、fastq格式的文件整体成了一行，如何将一行划分为多行？

正常数据如下：

我的：

是的，它已经成了一团浆糊了。

怎么把他们分开呢，我使用的shell命令。

1.sed 's/\+/\n\+\n/g' cz253_1.fq >cz253_1.fq.sed

2.sed 's/@/\n@/g' cz253_1.fq.sed >cz253_1.fq.sed2

3.sed 's/ACACAAATTC/\nACACAAATTC/g' cz253_1.fq.sed2 >cz253_1.fq.sed3

重点是sed命令。

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