windows系统中Linux用法

Linux是什么？一种操作系统，多用户、多任务
安装gitforwindows实现部分Linux命令：Windows系统中可以实现上百个Linux命令，但无法安装Linux软件
在图形界面打开terminal或看到如下界面，此为我们大部分时候的工作环境

ct:用户名

ehbio：如果是登录的远程服务器，则为宿主机的名字

~：代表家目录，在我们进入新的目录后，这个地方会跟着改变

$：用来指示普通用户输入命令的地方

Linux所有目录都在根目录下，用/表示。在访问目录是一般加上/指示相对于绝对路径。登录上之后即在家目录下（~或/home/ct）
目录结构

/:根目录，所有的目录、文件、设备都在/之下，/就是Linux文件系统的组织者，也是最上级的领导者
/bin：bin就是二进制的引文缩写，在一般的系统当中，都可以在这个目录下找到Linux常用的命令。系统所需要的那些命令位于此目录。/usr/bin/usr/local/bin
/etc (Editable Text Configuration): 这个目录是最重要的目录之一，存放了系统管理时要用到的各种配置文件和子目录。
/home：如果建立一个用户，用户名是“XX”，那么在/home目录下就有一个对应的/home/XX的路径，用来存放用户的主目录
/lib: lib是库（library）的英文缩写，主要用来存放系统动态连接共享库。千万不要对这个目录进行操作，发生问题时系统将无法工作
/mnt: 用于存放挂载储存设备的挂载目录，比如磁盘阵列、U盘等。
下面以Win10 + Rstudio +gitforwindows 运行Linux命令为例

Linux基本命令： [ngs0@localhost ~]$ 命令[-选项] 参数1 参数2 ……

说明：命令永远以可执行程序开始；[-选项]的方括号表示该项目是可选的，不需实际输入；不同项之间以空格分隔，命令行以回车结束并即刻执行；Linux区分大小写

8. 常用命令

pwd #显示当前工作目录（print working directory）

cat #查看文件（concatenate files and print）,与<<END连用用于读入大段数据。输入cat <<END之后，回车，会看到终端出现一个大于号，大于号后面可以输入内容，再回车，继续输入内容，直到我们输入END (大写的，与上面一致)，输入过程结束，我们输入的内容都显示在了屏幕上

ls #显示当前文件夹（list）

ls -l #列表显示

ls –l dir #显示目录下dir下的文件

mkdir #新建文件夹（make directory）

mkdir test #创建目录

cd #切换工作目录（change dir）

cd test #进入test目录

cd ..#后退到上一级目录，.代表上级目录，..代表上一级目录，../../表示上两层目录

cd ./test 等同于cd test

cp #拷贝文件，原文件移动到目标位置（copy）

cp test.sh.file_temp.txt #复制文件

cp test.sh test #复制文件到指定目录

mv #移动或改名文件（move）

mv test.sh temp.sh #移动，不更改目录则为改名

rm #删除文件（remove）

rm test/test.sh #删除文件

rm –r test #删除文件夹

Fastq文件操作

gunzip:解压文件

head example.fq 显示文件头，查看钱6行可使用-n 6

tail example.fq 显示文件尾

less –S example.fq 按页查看文件，-S不换行，空格翻页，q退出

获取所有样品名字

cut -f 1 metadata.txt

获取所有样品名字时跳过第一行

tail -n +2 metadata.txt | cut –f 1

sed替换文字内容

sed ‘s/original/new’文件A：文件A中的原始的替换成新的

例：metadata中Beijing写错了，需要替换为Nanjing

sed ‘s/Beijing/Nanjign/’ metadata.txt

tr：字符替换工具

程序中几个符号

=：一个等号表示赋值

==：表示判断两侧的变量是否相等，如FNR==1，若相等返回True

!=：表示判断两侧的变量是否不相等，若不等，返回False

+=：自加操作a+=1等同于a=a+1

%：取余数

+,-,*,/：加减乘除

&&,||,!：逻辑与，逻辑或，逻辑非

()：一般用于函数中，传递参数

[]：一般用于索引列表或字典，取出列表中第几位元素，或字典中某个key对应的value

{}：代码块，多行语句放在一起，属于一个层级

“”,‘’：双引号和单引号括起的是字符串，bash中双引号中的变量可以解析，单引号不可以。同样的引号不可以嵌套，如awk“{print“ehbio”}”是不对的，要写成awk‘{print“ehbio”}’或awk“{print‘ehbio’}”

/t:代表TAB键

*：代表任意字符

|：管道符，传递数据，上一条命令的输出作为下一条命令的输入

`>`是一个重定向符号，即把前面命令的输出写入到`>`后面的文件中

-：表示标准输入，一般用于1个程序需要多个输入的时候

<：标准输入，后面可以跟可以产生输出的命令，一般用于1个程序需要多个输入的时候

# cat命令之前也用过，输出一段文字
# diff是比较2个文件的差异的，需要2个参数
# - (短横线)表示上一个命令的输出，传递给diff
# < 表示其后的命令的输出，也重定向给diff

ct@ehbio:~$ cat <<END | diff - <(echo "1 2 3" | tr ' ' '\n')

> 2
> 3
> 4
> END
0a1
> 1
3d3
< 4

快捷键：

Tab键：自动补全或提示相关结果

Ctrl+C：中止命令

Ctrl+A：回到命令的行首，用于修改命令或注释掉命令

!!:表示上一条命令

# !!表示上一条命令
# :gs表示替换，把上一个命令中全部的ehbio替换为ehbio3; g: global; s: substitute
ct@ehbio:~/ehbio_project$ !!:gs/ehbio/ehbio3
#cut -f 1 -d ' ' ehbio3.fa | tail -n 4

which:表示查看命令的路径

注意：命令跟参数之间要有空格

windows系统中Linux用法相关推荐

linux open换行windows,python中遇到的Windows系统中换行符的一个坑
在项目hex2bin( https://github.com/Root-lee/hex2bin ) 中,需要实现将一个txt文本中的十六进制码转换成相应的ascii码符号并写入一个.dat文件中,以用 ...
什么是软连接，以及软连接在linux系统中的用法
软连接是linux中一个常用命令,它的功能是为某一个文件在另外一个位置建立一个同步的链接.软连接类似与c语言中的指针,传递的是文件的地址:更形象一些,软连接类似于WINDOWS系统中的快捷方式. 例如 ...
Linux / Windows系统中安装最新版 ElasticSearch (es)搜索引擎超详细图文教程【一看就懂】
"You Know, for Search" 相信来到这里的朋友们已经对ElasticSearch(es)有了一个大致的了解.关于Elasticsearch的介绍就不在此做过多赘 ...
window如何使用Linux命令,如何在windows系统中使用linux的命令
在windows上可以运行或使用linux下面的命令吗?可以,学习啦学习啦小编今天就来分享怎么样让Windows支持Linux命令,做这些安装和设置后,就可以非常方便的在windows系统中使用lin ...
widnows监控linux 内存,Linux_带你全面了解Linux系统内存监控，在Windows系统中查看内存的使用 - phpStudy...
带你全面了解Linux系统内存监控在Windows系统中查看内存的使用情况很简单,想必大家都已经耳熟能详了,那么在Linux系统如何查看内存使用情况呢?下面和大家分享在Linux系统下查看内存使用情 ...
在windows系统中安装linux
文章目录开启开发者模式更改电脑配置在软件商店中安装Linux 进行网络配置配置用户密码与超级用户缺点 1.开启开发者模式 2.更改电脑配置,并重启电脑 3.Microwsoft中安装linu ...
在windows系统中使用Ceres非线性优化库：（一）安装Ceres库
(一)安装Ceres库 1.用vcpkg安装Ceres库 1.1.安装vcpkg 1.2.安装Ceres 1.3.配置C ...
ip设置 kali 重置_在 Windows 系统中如何重置 TCP/IP 协议堆栈修复网络连接问题
Internet 在 TCP/IP 协议上工作,如果 TCP/IP 协议堆栈在 Windows 或任何其他操作系统(例如 Linux 或 MacOS)中无法正常工作,则您的 Internet 连接会出 ...
linux系统启动盘怎么制作工具,windows系统制作linux启动盘工具介绍
Linux发行版排行榜: http://iso.linuxquestions.org/ http://distrowatch.com/dwres.php?resource=major&lang ...

windows系统中Linux用法

windows系统中Linux用法相关推荐

最新文章

热门文章