几种在NCBI中查询获取目的基因序列的方法

在NCBI中，如何查询并下载获得某物种的某特定功能的基因序列，相信对于看到此篇的大部分同学来说都不陌生了。想到对于刚开始接触生信的同学们来说，也许尚不能很熟练地在NCBI中查询想要的基因序列，因此在这里简要作了一个总结，希望对初学生信的同学们有所帮助。

此篇博文源于此前有同学问我，提到他导师给他布置任务，查找相关的文献，看相关文献中都报道了哪些细菌物种能够产生聚羟基脂肪酸酯（polyhydroxyalkanoate ，PHA），参与合成该产物的基因都有哪些，然后在NCBI中搜索这些物种的与PHA合成相关的基因序列并比较同源序列间的进化关系。

于是当时给同学整理了一些方法以供参考，今天突然想到，就把之前做的总结修改了一下，在此处与大家分享。以下示例就展示如何在NCBI中查询得到巨大芽胞杆菌（Bacillus megaterium）这个物种中与聚羟基脂肪酸酯（polyhydroxyalkanoate ，PHA）合成相关的基因。

此处共介绍3种方法：

（1）在NCBI的核酸（或蛋白）数据库中查询；

（2）借助基因组注释文件，在全基因组序列中获得（包含两种方式，过程不同但结果一致）；

（3）通过blast查找获得（又分为在线blast和本地blast）。

已将下述内容简要整理为PPT文档，已上传至百度盘（若失效请在下方留言）。
链接：https://pan.baidu.

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