circNet:人类环状RNA数据库

2024-04-14 15:06:32

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circNet是一个环状RNA的数据库，不仅收录了cirRNA的基本信息，还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络，网址如下

http://syslab5.nchu.edu.tw/CircNet/

数据库构建的流程如下所示

从SRA数据库中收集了来自26个不同组织，共464个样本的RNA_seq数据，利用find_circ软件预测其中的环状RNA,共预测到212950个环状RNA,和circBase数据库相比，其中有53687个是新的环状RNA。为了降低假阳性，选取junction reads大于3的环状RNA作为高可信度的环状RNA,最终得到34000个环状RNA。

软件预测环状RNA只会给出连接点在基因组上的位置，意味着我们只能确定环状RNA的头尾，无法直接确定中间的序列信息，为此，该数据库根据下图所示策略去注释环状RNA的序列信息

图A表示对于头尾都对应exon的环状RNA,在注释序列时，将所有eoxn的组合情况都列出，作为circRNA的多个isoform;图B表示对于剪切位点在内含子上的环状RNA,注释其序列时将exon两侧的intron序列也包含进去；图C表示环状RNA头尾位于已知基因的反义链时，直接根据头尾的染色体位置截取序列最终该环状RNA的序列；图D表示对于头尾在基因间区的环状RNA,和图C同样的做法，直接根据头尾的染色体位置截取序列最终该环状RNA的序列。

根据环状RNA的序列,通过targetScan软件预测与miRNA的相互作用，然后再结合miRTarBase和miRBase数据库中的miRNA与基因的调控关系，构建了circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络。

在官网首页可以以基因为单位检索对应的ceRNA调控网络，以ZEB1为例，示意如下

图例如下所示

紫色节点代表环状RNA,黄色节点代表miRNA,蓝色节点代表gene;红色连线用于连接miRNA和靶标基因，绿色连线用于连接gene和环状RNA, 蓝色连线用于连接circRNA和miRNA。

在右侧面板会显示在不同组织中的表达量，环状RNA与miRNA的相互作用网络等信息，更多细节请参考官网的使用手册。

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