Materials studio中的简单聚合物的建立及盒子的弛豫
涉及模块
- Amorphous Cell-construction
- Forcite-caculation
- Build Polymers-Homopolymer
简单流程
- 构建聚合物链，如图所示为聚合度为50的PE单链；
- 对单链进行结构优化，选择Forcite模块中的calculation。Setup栏选择Geometry Optimization, 选择Algorithm类型，针对聚合物单链，本人一般简单的smart，Energy选择力场，针对PE我选用pcff力场，Job control选择并行数，一般调到最大。
- 建盒子，AC模块下的construction(Legacy)，确保优化后的PE单链界面处于打开状态，进行add，选择cell type，设置密度，盒子大小等。这里我选用的是confined layer，至于和periodic有什么区别，自己可以进行尝试。设置numbers of configuration框为1，要不然你电脑会特别卡，然后取消下面两个勾选框。Setup栏注意力场要和之前的力场保持一致，后续的所有过程都要检查力场。
- 进行能量最小化，和步骤2类似，为了后续的弛豫过程不报错，在这里可以多进行几次结构优化，Steepest descent, Conjugate gradient, Quasi-Newton各来一次。
- 弛豫。同理，将需要优化后的结构显示与主屏幕，FC中选择Dynamcis，检查力场，在more中选择系综，个人在MS中一般用NVT，弛豫时间100ps
热浴为经典的Nose-Hoover，确认力场，其余默认，弛豫时间一般较长，看电脑性能。
- 完成后可以将模型用域其他操作，或者用于car文件的导出。
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