Centos安装Lammps教程——intel、openmpi、fftw环境
LAMMPS安装教程
Tips：安装过程不难，细心仔细，遇到问题百度会帮你
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一.32位库环境配置
打开CentOS系统，进入root用户。
在所有安装开始之前，先配置好所涉及的32位库文件。具体过程如下：
分别使用以下命令，将所查找到的所有文件，使用yum install 文件名更新或安装，gcc安装gcc、gcc-c++、gcc-gortran。
yum list libstdc*yum list glibc*yum list libgcc*yum list gcc*Xorg X11 libXss runtime libraryyum install libXScrnSaveryum install libXScrnSaver.i686更新、安装好后再输入这三个命令查看是否已经安装完毕，特别注意以.i686为后缀的文件一定要安装好，那就是32位库文件。
安装好后检查一下，例如，使用 yum list libstdc*命令检查可见，所有安装包都可在Installed Packages一栏中找到。
切换成普通用户继续之后的操作
二.Intel-parallel_studio XE 2019 安装
（1）工作准备
将软件Intel-parallel_studio XE 2019、openmpi 3.1.3、fftw 3.3.9拷贝到工作站
（2）安装
打开安装包所在目录终端界面，输入以下命令：
tar -zvxf parallel_studio_xe_2019_update4_cluster_edition.tgzcd parallel_studio_xe_2019_update4_cluster_edition.tgz./install.sh安装开始，具体操作步骤如下：
安装过程步骤：
Enter回车，跳过欢迎界面；
一直按空格到，可以输入accept，接受协议；
3. 输入1，Enter回车，同意，接下来进入安装前的检查，等待几分钟；
4.检查完毕，，回车跳过；
5. 进入选择激活方式选择，输入2，回车，选择证书文件激活；
6.回车，选择证书文件激活；
7. 输入证书文件（License解压后）的完整路径，回车，会显示激活成功，继续回车进入下一步；
/home/gg/software/license注意：/home/gg/software为你放置License的路径
8. 默认回车；
9. Intel-parallel_studio XE 2019 默认安装目录为/home/gg/intel，回车（或者选2，更改安装目录）
10. 开始安装；
11. 安装成功！
（3）环境变量设置
打开终端界面，输入以下代码，进入~/.brshrc添加环境变量
vi ~/.bashrc按方向键↓至文档末尾处，按insert进入写入模式加入以下语句：
# intel 2019 environment variablesource /home/gg/intel/bin/compilervars.sh intel64source /home/gg/intel/bin/ifortvars.sh intel64source /home/gg/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64export PATH=/home/gg/intel/compilers_and_libraries_2019.4.243/linux/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/home/gg/intel/compilers_and_libraries_2019.4.243:$LD_LIBRARY_PATH注意：/home/gg/intel/部分根据你的安装路径替换。
按ESC退出，输入以下代码保存：
:wq!回车后，再输入以下代码更新环境变量设置：
source ~/.bashrc（4）验证
输入 which icc ifort icpc mpiifort 检查环境变量是否设置成功，成功则显示路径。
三. openmpi 3.1.3 的安装
（1）程序安装
逐步输入以下命令：
tar zxvf openmpi-3.1.3.tar.gzcd openmpi-3.1.3./configure --prefix=/home/gg/openmpi-3.1.3 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifortmakemake install注意：/home/gg/openmpi-3.1.3为安装目录，可自行替换。
（2）环境变量设置
方法同上，在~/.bashrc中加入以下语句：
# openmpi 3.1.3 environment variableif [ -f /home/gg/intel/bin/ifortvars.sh ]; thensource /home/gg/intel/bin/ifortvars.sh intel64 2> /dev/nullexport MPI=/home/gg/openmpi-3.1.3export PATH=$MPI/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATHexport MANPATH=$MANPATH:$MPI/share/manexport INFOPATH=$INFOPATH:$MPI/share/manexport INCLUDE=$MPI/include:$INCLUDEfi（3）测试安装成功
1.输入which mpirun mpif90 检查环境变量是否设置成功，检查环境变量是否设置成功，成功则显示路径。
2.在openmpi-3.1.3安装包路径中（注意是安装包路径！！），输入以下命令：
cd examples/makempicc hello_c.c –o hello_cmpirun -np 4 ./hello_c出现以下界面则安装成功。
四. fftw 3.3.9的安装
（1）程序安装
逐步输入以下命令：
tar zxvf fftw-3.3.9.tar.gzcd fftw-3.3.9/./configure --prefix=/home/gg/fftw-3.3.9 --enable-mpi F77=ifort F90=ifortmakemake install注意： /home/gg/fftw-3.3.9 为安装目录，可自行替换。
（2）环境变量设置
方法同上，更改bashrc文件
vi ~/.bashrc在文件中加入以下语句：
# fftw 3.3.9 environment variableexport PATH=/home/gg/fftw-3.3.9/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/home/gg/fftw-3.3.9/lib:$LD_LIBRARY_PATH注意：安装路径如有不同请自行替换。
最后更新环境变量：
source ~ /.bashrc（3）测试安装成功
检查 “/home/gg/fftw-3.3.9/lib/libfftw3_mpi.a”文件是否存在，若存在，则安装成功。
五. Lammps安装
（1）准备工作
将Lammps拷贝到工作站中
（2）安装
1.解压包：
tar zxvf lammps-xxx.tar2.修改makefile：
cd /home/gg/software/lammps-11Jan12/src/MAKE/vim Makefile.mpi修改以下红色标记，将路径修改为自己的安装路径：
|
# mpi = MPI with its default compiler SHELL = /bin/sh # --------------------------------------------------------------------- # compiler/linker settings # specify flags and libraries needed for your compiler CC = mpicxx CCFLAGS = -g -O3 -restrict SHFLAGS = -fPIC DEPFLAGS = -M LINK = mpicxx LINKFLAGS = -g -O LIB = SIZE = size ARCHIVE = ar ARFLAGS = -rc SHLIBFLAGS = -shared # --------------------------------------------------------------------- # LAMMPS-specific settings, all OPTIONAL # specify settings for LAMMPS features you will use # if you change any -D setting, do full re-compile after "make clean" # LAMMPS ifdef settings # see possible settings in Section 2.2 (step 4) of manual LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64 # MPI library # see discussion in Section 2.2 (step 5) of manual # MPI wrapper compiler/linker can provide this info # can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial # use -D MPICH and OMPI settings in INC to avoid C++ lib conflicts # INC = path for mpi.h, MPI compiler settings # PATH = path for MPI library # LIB = name of MPI library MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/home/gg/openmpi-3.1.3/include MPI_PATH = -L/home/gg/openmpi-3.1.3/lib MPI_LIB = -lmpi # FFT library # see discussion in Section 2.2 (step 6) of manual # can be left blank to use provided KISS FFT library # INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings # PATH = path for FFT library # LIB = name of FFT library FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/home/gg/fftw-3.3.9/include FFT_PATH = -L/home/gg/fftw-3.3.9/lib FFT_LIB = -lfftw3 # JPEG and/or PNG library # see discussion in Section 2.2 (step 7) of manual # only needed if -DLAMMPS_JPEG or -DLAMMPS_PNG listed with LMP_INC # INC = path(s) for jpeglib.h and/or png.h # PATH = path(s) for JPEG library and/or PNG library # LIB = name(s) of JPEG library and/or PNG library JPG_INC = JPG_PATH = JPG_LIB = ............... |
注意：黄色部分为自己安装路径
Intel编译器安装opt扩展包需要加-restrict
保存退出
3.编译package
（1）编译标准库
输入下述命令：
cd ~/software/lammps-11Jan12/srcmake yes-ASPHERE yes-BODY yes-CLASS2 yes-COLLOID yes-COMPRESS yes-CORESHELL yes-DIPOLE yes-GRANULAR yes-KSPACE yes-MANYBODY yes-MC yes-MISC yes-MOLECULE yes-MPIIO yes-OPT yes-PERI yes-QEQ yes-REPLICA yes-RIGID yes-SHOCK yes-SNAP yes-SPIN yes-SRD（2）编译poems
#参见lammps用户手册4.1 Standard Packages
cd ~/software/lammps-11Jan12/lib/poemsmake -f Makefile.icc cd ~/software/lammps-11Jan12/srcmake yes-poems（3）编译meam
#参见lammps用户手册4.1 Standard Packages
更改Makefile文件：
cd ~/software/lammps-11Jan12/lib/meamrm *.ocp Makefile.lammps.ifort Makefile.lammpsmake -f Makefile.ifortvi Makefile.lammps将文本内容按以下更改：
meam_SYSINC =
meam_SYSLIB = -lifcore -lsvml –liompstubs5 -limf
meam_SYSPATH=
-L/home/gg/intel/compilers_and_libraries_2019.4.243/linux/compiler/lib/ia32_lin
注：黄色部分为intel安装路径
保存退出
执行以下命令：
cd ~/software/lammps-11Jan12/srcmake yes-meam（4）编译reax
#参见lammps用户手册4.1 Standard Packages
更改Makefile文件：
cd ~/software/lammps-11Jan12/lib/reaxrm *.ocp Makefile.lammps.ifort Makefile.lammpsmake -f Makefile.ifortvi Makefile.lammps将文本内容按以下更改：
reax_SYSINC =
reax_SYSLIB = -lifcore
reax_SYSPATH= -L/home/gg/intel/compilers_and_libraries_2019.4.243/linux/compiler/lib/ia32_lin
保存退出
执行以下命令：
cd ~/software/lammps-11Jan12/srcmake yes-reax（5）编译user库
cd ~/software/lammps-11Jan12/srcmake yes-USER-BOCS yes-USER-CGDNA yes-USER-CGSDK yes-USER-DIFFRACTION yes-USER-DPD yes-USER-DRUDE yes-USER-EFF yes-USER-FEP yes-USER-INTEL yes-USER-LB yes-USER-MANIFOLD yes-USER-MEAMC yes-USER-MESO yes-USER-MGPT yes-USER-MISC yes-USER-MOFFF yes-USER-MOLFILE yes-USER-OMP yes-USER-PHONON yes-USER-PTM yes-USER-QTB yes-USER-REAXC yes-USER-SMTBQ yes-USER-SDPD yes-USER-SPH yes-USER-TALLY yes-USER-UEF4.编译Lammps
输入make mpi开始安装编译Lammps
如果编译成功，会生成一个lmp_mpi文件。
5.导入PATH
编辑在bashrc文件：
vi ~/.bashrc在文件最末端，输入以下内容：
export PATH=/home/guoxin/software/lammps-11Jan12/src:$PATH更新配置文件
source ~/.bashrc7.测试
进入lammps自带例子文件夹下
cd /home/gg/software/lammps-11Jan12/examples/shearmpirun -np 3 lmp_mpi < in.shear若之前没更改环境文件，应加上绝对路径
/home/gg/openmpi-3.1.3/bin/mpirun -np 3 /home/gg/.../in.shear/home/gg/openmpi-3.1.1/bin/mpirun为openmpi安装路径下的mpirun位置
-np 3为调用3个cpu核数
/home/gg/.../in.shear为in.shear文件的位置
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