Primer设计PCR引物的方法,在线引物设计网站汇总整理
一、PCR引物设计原则
1、引物长度一般在15-30bp。
引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不应大于38bp,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA聚合酶进行反应;
2、引物GC含量一般为40%-60%。
引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,GC含量过高或过低都不利于引发反应。上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;
3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右。
Tm值在72℃左右可使复性条件最佳,至少要在55-80℃之间。Tm值的计算有多种方法,如按公式Tm=4(G+C)+2(A+T),在Oligo软件中使用的是最邻近法(the nearest neighbor method);
4、引物3’端的碱基一般不用A。
引物3’端的碱基一般不用A,因为A在错误引发位点的引发效率相对比较高。
5、引物3’端出现3个以上的连续碱基,如GGG或CCC,也会使错误引发机率增加。
6、引物3’端的互补、二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。
7、如扩增编码区域,引物3’端不要终止于密码子的第3位,因密码子的第三位易发生简并,会影响扩增特异性与效率;
8、引物5’端可以修饰。
引物5’端序列对PCR影响不太大,因此常用来引进修饰位点或标记物。
9、碱基要随机分布,且引物自身和引物之间不能有连续4个碱基的互补。
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