R：生信技能树学习笔记一

生信技能树小破站：R应该这样学1-4

1.查看已经安装的包的地址

.libPaths()

2.怎么查看函数用法

#在RStudio的右下角窗口的help可以看到
?函数名

3.三个有用的函数

1.head：head出错的变量 看里面的数据是不是想象的那样
2.str：查看数据是不是像表面那样 判断函数的真实类型
3.help：看是不是有些函数的参数被忽略了

4.基础变量

向量：a是变量右边是处理的数字不需要引号字符一定需要引号
数据框：每一列的mode可以不一样
列表：可以混合多种类型

g<-"My First List"
h<-c(25,26,18,39)
j<-matrix(1:10,nrow=5)
k<-c("one","two","three")
mylist<-list(title=g,ages=h,j,k)
mylist
#通过在双重括号中指明代表某个成分的数字或名称来访问列表中的元素
mylist[[2]]
#25 26 18 39 抓取的是第二层第二个元素
mylist[2]
#25 26 18 39
mylist[[2]][2]
#26
mylist[[2]][[2]]
#26
mylist[2][[2]]
#报错

5.外部数据导入和导出

#读取文件 header=T：数据中第一行是列名
#如果文件中有数据为空 用fill=T即可自动读入 NA补齐
read.table('文件名',sep='\t,header=T)#保存
write.csv(b,'文件名'）#以R后缀保存和读取 就只有R才能读 方便交流
save(b,file='b_input.Rdata')
load(file='b_input.Rdata')#可以自己拆分
read.line()

去掉读取的文件前面的自带行名1 2 3 4

write.csv(b,'文件名',row.names=F)

6.中级变量操作

处理问题的时候先想有没有相关函数

循环–for

#输出b数据框每一行平均值
for(i in 1:nrow(b)){print(mean(as.numeric(b[i,])))
}

循环–apply

#1代表行 2代表列
apply(b,1，function(x){mean(x)
})

自定义函数

自定义求值函数赋值给weirdo 然后函数weirdo就可以满足需求
weirdo<-function(b){for(i in nrow(b)){x=as.numeric(b[i,])y=x[1]+x[2]-x[3]+x[4]-x[5]+x[6]print(y)}
}
weirdo(b)

#利用apply函数对数据框b的每一行求方差 排序后选择前五十 提取名字后赋值给cg
#dreasing=T 降序
cg=names(sort(apply(b,1,sd)),dreasing=T)[1:50])#画没有排序的b的1-50的热图
pheatmap::pheatmap(b[1:50],)#随机选择b里的50个画热图
sample(1:nrow(b),50)
pheatmap::pheatmap(b[sample(1:nrow(b),50),])#画cg 即排序后的
pheatmap::pheatmap(b[cg],)

R：生信技能树学习笔记一相关推荐

R：生信技能树学习笔记二
生信技能树小破站:R应该这样学5-7 1.热图 rm(list=ls()) library(pheatmap) a1=rnorm(100) dim(a1)=c(5,20) #设置维度 pheatmap ...
Bioinfo:学习Python，做生信PartII 学习笔记
在学习了生信大神孟浩巍的知乎Live "学习Python, 做生信"之后,对第二部分的文件信息处理部分整理了如下的笔记. 一.fasta与fastq格式的转换 1.首先需要了解FA ...
生信人学习R（day01）
这是我看生信技能树的视屏记得笔记 #读取一个.txt文件(此处还可以为csv文件,但是不可以是Excel,当读取CSV时不需要后面的参数) Q = read.table("GSM154553 ...
语言提取列名_学习健明老师发布的R语言练习题的学习笔记（二）
学习者:骆栢维题目来源:生信基石之R语言中级10 个题目:http://www.bio-info-trainee.com/3750.html 备注:本文为笔者学习健明老师GitHub答案代码的学习 ...
R plot图片背景设置为透明_学习健明老师发布的R语言练习题的学习笔记（一）...
学习者:骆栢维题目来源:生信基石之R语言初级10 个题目:http://www.bio-info-trainee.com/3793.html 备注:本文为笔者学习健明老师GitHub答案代码的学习 ...
CancerSubtypes包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理）
CancerSubtypes包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理,感谢Jimmy老师!) 1. 引言 2. 数据处理 2.1 基本处理 2.1.1 通过检查数据分布来分 ...
ProTICS包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理）
ProTICS包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理,感谢Jimmy老师!) 1.设置环境 2.Part1的结果 3.Part2的结果 4.Part3的结果 5.相关函数 ...
R语言与机器学习学习笔记（分类算法）
转载自:http://www.itongji.cn/article/0P534092014.html 人工神经网络(ANN),简称神经网络,是一种模仿生物神经网络的结构和功能的数学模型或计算模型.神经 ...
《R数据科学》学习笔记|Note5:使用dplyr进行数据转换(下）
点击蓝字关注我! 写在前面本系列为<R数据科学>(R for Data Science)的学习笔记.相较于其他R语言教程来说,本书一个很大的优势就是直接从实用的R包出发,来熟悉R及数据 ...

R：生信技能树学习笔记一

1.查看已经安装的包的地址

2.怎么查看函数用法

3.三个有用的函数

4.基础变量

5.外部数据导入和导出

6.中级变量操作

R：生信技能树学习笔记一相关推荐

最新文章

热门文章