ubuntu and freesurfer 安装手册

记一下工作的具体过程，备用。

1、安装VMWare Workstation 14 ，参考《VMWare 14 Workstation Pro 下载与安装》

2、安装Ubuntu，参考《VMware Ubuntu安装详细过程（非常靠谱）》

3、安装VMware Tools，参考《VMware Tools安装方法及共享文件夹设置方法》

4、安装freeSurfer，参考《医学图像处理：Ubuntu16.04安装freesurfer教程》

具体过程：

1）把freesurfer的安装包复制到 /usr/local; 在终端输入：cp freesurfer所在位置 /usr/local，如下：

sudo cp freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz  /usr/local

2) 进入 /usr/local，解压freesurfer文件，输入 sudo tar -zxvf 文件名，如下：

sudo tar -zxvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

3) 安装tcsh, 输入：sudo apt-get install tcsh; 完成后输入tcsh，不报错的话就没问题了。指令如下：

sudo apt-get install tcsh

4）配置全局环境变量：

输入如下指令，打开profile文件：

sudo gedit  /etc/profile

在profile文件最后一行加入：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

5）配置当前用户环境变量，输入如下指令，打开bash.bashrc文件：

sudo gedit  /etc/bash.bashrc

在bash.bashrc文件最后一行加入：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

6) 把注册时给的license文件复制到/usr/local/freesurfer里面

sudo cp /home/liuzb/software/license.txt  /usr/local/freesurfer/

如果上述步骤都成功操作，你重新打开终端，就会出现如下环境变量提示：

7）分别输入帮助指令：tkregister2、tkmedit、tksurfer 和recon-all --help没有报错的话就说明基本安装成功了。

8）输入如下指令（ Perform a full recon-all on a pre-existing subject folder），验证是否成功：

recon-all -s bert -autorecon1

等一段时间，出现“recon-all -s bert finished without error at Sat Oct 11 10:07:49 CST 2014 done”

至此，大功告成！！！

9）界面测试：View the output volumes, surfaces and subcortical segmentation of the fully recon-ed subject bert.

$> cd $SUBJECTS_DIR
$> freeview -v \bert/mri/T1.mgz \bert/mri/wm.mgz \bert/mri/brainmask.mgz \bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \-f \bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \bert/surf/rh.pial:edgecolor=red

其中由于虚拟机一开始默认内存1G，所以打开freeSurfer，半路出错。最后才知道，是内存不够。官方上要求最好8G。我改成4G，也没出错。

其它问题：由于是ubuntu16的操作系统，所以可能会出现以下情况：“freeview.bin: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory”

解决方案1：（更方便）

最好先查一下本地的动态库名字和位置：

然后连接上本地已有的和freesufer需要的动态库

sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjpeg.so.8.0.2  /usr/lib/libjpeg.so.62

reference:

1) http://52brain.com/forum.php?mod=viewthread&action=printable&tid=8723 (http://blog.sina.com.cn/s/blog_594168770101i52v.html)

2)http://wenku.baidu.com/link?url=86-qaV4F97xzdXtlFbXMztEyLij2Y6tTE5Zr5MY8I5lbKSPwRIpWWAcQ_ipLxRPLnknqeu5L9jR0xyuzAgaZq-EK7Jap7cdc8tBlC8OjVW3

解决方法2：（指令简单，但是更新太慢。。。）

sudo apt-get upgrade  //更新太慢
sudo apt-get install libjpeg62-dev  // if not 62-dev, the apt will tell you it can not locate the package libjpeg62

系统状态查看：gnome-system-monitor

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