生信分析学习笔记:(2)GO KEGG分析
生信分析学习笔记:(2)GO KEGG分析
- 介绍
- 教程
- 1、富集分析 (Over-Representation Analysis )
- 2、GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)
- 3、可视化
- 实战练手项目
介绍
通常用的富集分析有ORA、FCS和拓扑三种方法。ORA简单来说就是超几何检验或Fisher精确检验,大同小异,都符合超几何检验,这也是目前用的最多的方法,优劣不谈。FCS的代表就是 GSEA,即基因集富集分析,优劣亦不谈。clusterProfiler提供了这两种富集分析方法。
教程
1、富集分析 (Over-Representation Analysis )
过表达分析其实就是费舍尔精确检验,对于以上19个物种
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