生信分析学习笔记:(2)GO KEGG分析

  • 介绍
  • 教程
    • 1、富集分析 (Over-Representation Analysis )
    • 2、GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)
    • 3、可视化
  • 实战练手项目

介绍

通常用的富集分析有ORA、FCS和拓扑三种方法。ORA简单来说就是超几何检验或Fisher精确检验,大同小异,都符合超几何检验,这也是目前用的最多的方法,优劣不谈。FCS的代表就是 GSEA,即基因集富集分析,优劣亦不谈。clusterProfiler提供了这两种富集分析方法。

教程

1、富集分析 (Over-Representation Analysis )

过表达分析其实就是费舍尔精确检验,对于以上19个物种

# 下载测试数据,并预处理
library

生信分析学习笔记:(2)GO KEGG分析相关推荐

  1. 计算机通路的基本概念,【生信学习笔记】KEGG分子通路数据库

    原标题:[生信学习笔记]KEGG分子通路数据库 首先什么是一个通路? 通路可以定义为a series of actions among molecules in a cell,细胞中的分子的一系列的行 ...

  2. 生存分析系列教程(一)使用生信人工具盒进行生存分析

    生信人工具盒是生信人团队的开发的一款软件,非常方便.下面我将演示一下如何通过这款软件进行生存分析.为了方便大家理解,形式依然是  数据结构-操作-结果解读. 1. 表达矩阵与生存信息矩阵 表达矩阵依然 ...

  3. 生信入门(六)——单细胞分析(Seurat)

    生信入门(六)--单细胞分析(Seurat) 文章目录 生信入门(六)--单细胞分析(Seurat) 一.数据导入 1.数据来源 2.数据导入 二.标准预处理 1.QC和选择细胞进行进一步分析 2.规 ...

  4. 生信学习笔记:fastp质控处理生成的report结果解读

    文章目录 前言 raw data 和 fastq文件 reads Q20和Q30 N值 Adapters Duplication Insert fastp report summary Adapter ...

  5. 【软件分析/静态程序分析学习笔记】7.指针分析(Pointer Analysis)入门

    写在前面的话 本渣有幸成为南京大学软件学院研究生,在前往仙林校区蹭课的时候偶然发现了这门宝藏课程,听了以后感觉深有收获,但又因为课程难度较大,国庆假期归来发现遗忘较多,因此开了一坑来记录自己对每节课知 ...

  6. 生信自学笔记(二)生物信息

    基本类型 1. 核苷酸序列数据 DNA 或 RNA 当中四种碱基的排列顺序. DNA : A T C G RNA : A G C U 2. 蛋白质序列和结构数据 蛋白质序列是指 20 种氨基酸的排列顺 ...

  7. Ubuntu 20.0.4 linux生信服务器笔记

    系统硬盘挂载情况 $ sudo root # df -h查看硬件raid信息 # lspci |grep -i raid 17:00.0 RAID bus controller: Broadcom / ...

  8. 生信小白学习日记Day7——WGS分析流程(picard)

    2019年6月2日,周日,天气晴,pass 上午.开始学习NGS分析,继BWA比对和SAM文件排序转BAM后的流程. NGS分析 step5 Mark Duplications 参考这篇:GATK使用 ...

  9. 生信学习笔记:测序数据质控

    文章目录 测序数据质控 1.原始数据统计 2.质控数据统计 测序数据质控 Illumina 测序属于第二代测序技术,单次运行能产生数十亿级的reads,如此海量的数据无法逐个展示每条read的质量情况 ...

最新文章

  1. 计算机科学与技术类高水平国际学术刊物,莘莘学子 | 计算机科学与技术学院本科生薛传雨在国际期刊上发表高水平学术论文...
  2. 黑鹰ASP教程(全部)下载
  3. Shader Compilation for Multiple Platforms
  4. 在 Linux 中使用超级用户权限
  5. java中Freemarker list指令详解
  6. tensorflow随笔-读文件
  7. M2Eclipse:Maven Eclipse插件无法搜索远程库的解决方法
  8. VB CreateObject函数
  9. #运行后闪退_王者ios14苹果手机闪退已修复,腾讯痛失百万玩家能否再回来
  10. mysql io线程 原理_mysql 原理 ~ 线程与IO
  11. linux 查看gcc安装目录,linux安装GCC详解
  12. 如何用c语言编码判断质数,如何用C语言筛选法判断质数
  13. 回文数c语言(来源:力扣(LeetCode))
  14. ansys轴对称模型之二维模型
  15. java程序cpu突然飚高_fullGC 频繁导致CPU飙高
  16. perl下载与环境安装
  17. vue 根据链接生成二维码(功能实现)
  18. 如何禁止鼠标唤醒Win10?
  19. K660E I7 D4 clover 引导黑苹果完美驱动
  20. 重命名Active Directory域名

热门文章

  1. 幼麟棋牌进入房间逻辑分析
  2. 回归:最小二乘法求解回归模型代码
  3. 微信抢票应用开发总结
  4. 怎么将自己的头像p到特定的背景图_怎么把自己的头像和背景分离出来:用ps抠图...
  5. Biotin-PEG2k-NHS,Biotin-PEG2000-NHS,PEG衍生物
  6. 1.《阿西莫夫:机器人短篇全集》
  7. c++读取图片_四、faster-rcnn源码阅读:数据流读取
  8. 关于微信小程序跳转到H5,然后从H5又跳回微信小程序问题的资料
  9. 论文阅读《UV-SLAM: Unconstrained Line-Based SLAM Using Vanishing Points for Structural Mapping》R-AL 2022
  10. 银行计算机安全工作会议记录,商丘市一高召开2020年度网络安全信息化专题会议...