nii格式转化为png格式或者img格式
import cv2 import numpy as np import os #遍历文件夹 import nibabel as nib import imageio #转换成图像def nii_to_image(filepath,flag="image"):filenames = os.listdir(filepath) #读取nii文件slice_trans = []for f in filenames:#开始读取nii文件img_path = os.path.join(filepath, f)img = nib.load(img_path) #读取niiimg_fdata = img.get_fdata()fname = f.replace('.nii', '') #去掉nii的后缀名img_f_path = os.path.join(newfilepath, fname)# 创建nii对应图像的文件夹if not os.path.exists(img_f_path):os.mkdir(img_f_path) #新建文件夹if(flag=="image"):img_fdata=(img_fdata-img_fdata.min())/(img_fdata.max()-img_fdata.min())*255#开始转换图像(x,y,z) = img.shapefor i in range(z): #是z的图象序列slice = img_fdata[:, :, i] #选择哪个方向的切片自己决定print(os.path.join(img_f_path, '{}.png'.format(i)))cv2.imwrite(os.path.join(img_f_path, '{}.png'.format(i)), slice)if __name__ == '__main__':oldfilepath = 'D:\FLARE2022\label'#nii文件所在的文件夹路径newfilepath = 'D:/test/label'#转化后的png文件存放的文件路径nii_to_image(oldfilepath,"label")
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