1、fastq格式

@A00601:606:H3LCWDSX3:3:1101:2428:1000 1:N:0:CGGCTATG+TCAGAGCC
NTTGTTGGATTTGGGTCTTGGGTGTTTGGATCAATATTGTAGGGGCAAAAATTTTAGCACGTAAAGAAGCTTTGGGCCACATTAATTTCTGTCAAGGCCCAATTTAATAAGAACAAAAGCTTACTTATTTTACTTATTTTCCTCAATTGT
+
#FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF,FFFFFFFFF
@A00601:606:H3LCWDSX3:3:1101:3188:1000 1:N:0:CGGCTATG+TCAGAGCC
NAACAATAAATTATAACAAATATCTAAATTCTAAATAAAAAAATCAAAAATAATAGACTAAGATTCTAAATAAAGGATAATAAATAAACGGGATCTTCTTTTATTCGAAACGTCTCGTGATCTTCAACCAATTATGCGCTTCAATATAAT
+
#FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF,FFFF,FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFF

第一行以符号“@”起始，对应于序列ID和相应的描述信息；第二行为实际测得的碱基序列；第三行以符号“+”起始；而第四行的字符串则记录了第二行序列中，每个碱基所对应的测序质量

2、fasta格式

>A00601:606:H3LCWDSX3:3:1101:2428:1000
NTTGTTGGATTTGGGTCTTGGGTGTTTGGATCAATATTGTAGGGGCAAAAATTTTAGCACGTAAAGAAGCTTTGGGCCACATTAATTTCTGTCAAGGCCCAATTTAATAAGAACAAAAGCTTACTTATTTTACTTATTTTCCTCAATTGT
>A00601:606:H3LCWDSX3:3:1101:3188:1000
NAACAATAAATTATAACAAATATCTAAATTCTAAATAAAAAAATCAAAAATAATAGACTAAGATTCTAAATAAAGGATAATAAATAAACGGGATCTTCTTTTATTCGAAACGTCTCGTGATCTTCAACCAATTATGCGCTTCAATATAAT

第一列为“>”起始，对应序列ID；第二列为实际测到的碱基序列

3、命令

 cat gene.fastq |paste - - - - |cut -f 1,2|sed 's/^@/>/'|tr "\t" "\n"|awk '{print $1}'>gene.fa

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