生物信息数据格式：fasta格式
2024-05-06 11:25:26
文章目录
- 格式说明
- 查看fasta
- 实例演练
- 读取fasta文件，并打印
- 把每条FASTA序列连成一行然后输出
- 把每条FASTA序列按一定长度输出
- 提取fasta.name中名字对应的test2.fa的序列，并输出到屏幕。
格式说明
Fasta格式首先以大于号>开头，接着是序列的标识符，然后是序列的描述信息。换行后是序列信息，序列中允许空格，换行，空行，直到下一个大于号，表示该序列的结束。
查看fasta
!cat ./data/AY810830.fasta
实例演练
读取fasta文件，并打印
def cat(file):"""读入FASTA格式的文件:param file: FASTA格式的文件:return: None"""for line in open(file):print(line.strip())cat("./data/test1.fa")
>NM_001011874 gene=Xkr4 CDS=151-2091
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctggggagcggcgcggccggggaaggaagccagggcg
>NM_001195662 gene=Rp1 CDS=55-909
AGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCA
>NM_011283 gene=Rp1 CDS=128-6412
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCAC
>NM_0112835 gene=Rp15 CDS=128-6412
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCAC
>NM_001011874 gene=Xkr4 CDS=151-2091
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctggggagcggcgcggccggggaaggaagccagggcg
aggcgaggaggtggcgggaggaggagacagcagggacaggTGTCAGATAAAGGAGTGCTCTCCTCCGCTG
CCGAGGCATCATGGCCGCTAAGTCAGACGGGAGGCTGAAGATGAAGAAGAGCAGCGACGTGGCGTTCACC
CCGCTGCAGAACTCGGACAATTCGGGCTCTGTGCAAGGACTGGCTCCAGGCTTGCCGTCGGGGTCCGGAG
把每条FASTA序列连成一行然后输出
def formatFasta(filename):"""把每条FASTA序列连成一行然后输出:param filename: 文件名:return: None"""alist = []for line in open(filename):if line[0] == '>':lineL = line.split(' ')if alist:print(''.join(alist))alist = []name = lineL[0]print(name)else:alist.append(line.strip())#不要忘了最后一个序列print(''.join(alist))filename = "./data/test2.fa"
formatFasta(filename)>NM_0112835
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCACACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGGCGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATATGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
>NM_001195662
AAGCTCAGCCTTTGCTCAGATTCTCCTCTTGATGAAACAAAGGGATTTCTGCACATGCTTGAGAAATTGCAGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTG
>NM_011283
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCACACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGGCGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATATGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
把每条FASTA序列按一定长度输出
def formatFasta(filename,length):"""把每条FASTA序列按一定长度输出:param filename: 文件名:param length: 长度:return: None"""alist = []for line in open(filename):if line[0] == '>':lineL = line.split(' ')if alist:seq = ''.join(alist)len_seq = len(seq)for i in range(0,len_seq,length):print(seq[i:i+length])alist = []name = lineL[0]print(name)else:alist.append(line.strip())#不要忘了最后一个序列seq = ''.join(alist)len_seq = len(seq)for i in range(0,len_seq,length):print(seq[i:i+length] )
length = 60
filename = "./data/test2.fa"
formatFasta(filename,length)
>NM_0112835
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTA
TACAGACCACACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTC
ACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGG
TCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAG
TTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTC
CTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGG
GGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGA
GGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAA
GGCCCGCAGGCGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCT
CTGTCCTGCAACTGCCAATATGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAG
GCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
>NM_001195662
AAGCTCAGCCTTTGCTCAGATTCTCCTCTTGATGAAACAAAGGGATTTCTGCACATGCTT
GAGAAATTGCAGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATT
CATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTA
GTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTG
GTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAG
GTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACC
AGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTG
>NM_011283
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTA
TACAGACCACACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTC
ACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGG
TCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAG
TTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTC
CTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGG
GGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGA
GGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAA
GGCCCGCAGGCGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCT
CTGTCCTGCAACTGCCAATATGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAG
GCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
提取fasta.name中名字对应的test2.fa的序列，并输出到屏幕。
fasta.name文件内容如下：
!cat "./data/fasta.name"
NM_011283
aDict = {}
seqFile = "data/test2.fa"
nameFile = "data/fasta.name"for line in open(seqFile):if line[0] == '>':key = line.split()[0][1:] aDict[key] = [] else:aDict[key].append(line.strip())for line in open(nameFile):name = line.strip()print(">%s\n%s" % (name, ''.join(aDict[name])))print(">%s\n%s" % (name, aDict[name]))
>NM_011283
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCACACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGGCGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATATGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
>NM_011283
['AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCAC', 'ACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACAC', 'CTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATAT', 'CACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGG', 'GTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCC', 'TGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGA', 'GGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGG', 'CGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATA', 'TGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA', '']
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