ImageJ自动批量荧光面积统计
本方法只介绍批量处理方法,单张图片请再第3步后,点击select,按M即可。
将相类似的需要计算荧光面积的图片复制在同一个文件夹中。
用ImageJ打开其中一张图片,
1,Plugins → Macros → Record,弹出Recorder窗口(如下图)。接下来你的每一步操作均会以代码的形式记录在这个窗口。
2,Image → Adjust → Color Threshold,弹出Threshold Color窗口(如下图)。
3,Color space选择HSB,Threshold color选Black,然后调节“Hue”,”Saturation”和“Brightness”三个参数,使得图片需要统计的部分被黑色覆盖。勾选所有的Pass,然后点最下面的“Macro”,这时,一大段代码将会在Recorder窗口中产生。
3,复制代码,留下主程序,关闭其他所有窗口。
4,Process → Batch → Macro,弹出Batch Process窗口。Input选择图片所在文件夹,Output选择任意一个无用的文件夹即可,ImageJ会将处理过的图片存入Output选中的文件夹。Output Format选择PNG。然后将第3步复制的代码粘贴在最大的框中。
5,在代码最后,加上4行:
run("Set Measurements...", "area mean min limit display redirect=None decimal=3");
setThreshold(129, 255);
setOption("BlackBackground", false);
run("Measure");
然后Process即可。
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