很少给大家推荐软件，工具之类的，这次还是开个先河吧

强大万能的PDF工具 Pdftk - The PDF Toolkit

各种你想到以及你没想到的功能

跨平台，GPL，CLI

http://www.pdflabs.com/tools/pdftk-the-pdf-toolkit/

官网介绍：

If PDF is electronic paper, then pdftk is an electronic staple-remover, hole-punch, binder, secret-decoder-ring, and X-Ray-glasses. Pdftk is a simple tool for doing everyday things with PDF documents.

如果PDF是电子书，那么Pdftk就是电子起钉器，打孔机，胶水，解密戒指，X光眼睛。Pdftk是一款天天陪伴你处理PDF文档的简单工具。

Keep one in the top drawer of your desktop and use it to:

把它放到桌子的第一层抽屉里吧，它能够：

• Merge PDF Documents

• 合并PDF文档

• Split PDF Pages into a New Document

• 分割PDF中的页面，并合并到新文档

• Rotate PDF Pages or Documents

• 旋转PDF页面，或者整个文档

• Decrypt Input as Necessary (Password Required)

• 解密带密码的文档（不是破解，需要密码）

• Encrypt Output as Desired

• 加密文档

• Fill PDF Forms with FDF Data or XFDF Data and/or Flatten Forms

• Apply a Background Watermark or a Foreground Stamp

• 加水印或者前景邮戳标记

• Report on PDF Metrics such as Metadata, Bookmarks, and Page Labels

• 统计PDF文档信息，如元数据，书签，页标题

• Update PDF Metadata

• 更改PDF元数据

• Attach Files to PDF Pages or the PDF Document

• 为PDF页或文档添加附加文件

• Unpack PDF Attachments

• 提取PDF中的附加文件

• Burst a PDF Document into Single Pages

• 将PDF文档中的所有页面合并到一张单一页面

• Uncompress and Re-Compress Page Streams

• 解压缩和重新压缩页面数据流

• Repair Corrupted PDF (Where Possible)

• 最大限度修复已损坏的PDF文件

Pdftk allows you to manipulate PDF easily and freely. It does not require Acrobat, and it runs on Windows, Linux, Mac OS X, FreeBSD and Solaris.

Pdftk使用起来既简单又自由，不依赖Acrobat，并且可以在Windows，Linux，Mac OS X，FreeBSD 和 Solaris上运行。

命令行简介

NAME
       pdftk - A handy tool for manipulating PDF

SYNOPSIS
       pdftk <input PDF files | - | PROMPT>
        [ input_pw <input PDF owner passwords | PROMPT> ]
        [ <operation> <operation arguments> ]
        [ output <output filename | - | PROMPT> ]
        [ encrypt_40bit | encrypt_128bit ]
        [ allow <permissions> ]
        [ owner_pw <owner password | PROMPT> ]
        [ user_pw <user password | PROMPT> ]
        [ flatten ] [ compress | uncompress ]
        [ keep_first_id | keep_final_id ] [ drop_xfa ]
        [ verbose ] [ dont_ask | do_ask ]
       Where:
        <operation> may be empty, or:
        [ cat | shuffle | burst |
          generate_fdf | fill_form |
          background | multibackground |
          stamp | multistamp |
          dump_data | dump_data_utf8 |
          dump_data_fields | dump_data_fields_utf8 |
          update_info | update_info_utf8 |
          attach_files | unpack_files ]

For Complete Help: pdftk --help