0001-【linux系统】-用于生物信息分析该如何安装ubuntu系统？

1. 生信软件系统的选择——Linux（ubuntu）

对于生信分析人员来说，日常工作，软件运行，跑流程，均在linux下操作。当然，也有基于云端的生信分析平台，如免费的Galaxy，或者某些公司的一站式云平台。

比较初学者学生物信息还是使用开源软件、学原理、一步一步运行才有意思。这路子，一定要适应Linux的命令行界面。

选择windows还是linux？ 一定是linux，windows太多的生物软件不兼容了。
选择linux的哪个版本？推荐桌面版的Ubuntu——稳定，美观，适合初学者之称；次之，Centos——免费、稳定的服务器linux版本之称。
用那种方式安装linux好？推荐虚拟机安装。不太建议双系统，云端这种。因为，对于初学者在系统中，需要反复折腾，测试，搞垮系统是常事。
选择开源的VMbox还是商业版VMware？两者都可以，但各有缺点。VMbox更新比较快，经常更新后，可能会出现报错，系统无法打开的现象，较低版本的反而比较稳定，如果用好了，不建议经常更新。还有一点是，VMbox在鼠标控制上，没有VMware流畅。VMware十分稳定，流程好用。最新版一般要收费。可以选择比最新版版本稍低的，上网搜注册码，免费使用。还是那样，用好了，不要经常更新。某些生信软件会提供VMbox的镜像，如qiime。
VMbox的镜像能不能转到VMware上使用？，答案是可以的，使用VMbox的镜像导出功能，然后使用VMware进行导入，保持两者格式相同。

2. Ubuntu镜像下载

ubuntu镜像下载官网：https://www.ubuntu.com/download

下载链接：http://mirror.lzu.edu.cn/ubuntu-releases/18.04/ubuntu-18.04-desktop-amd64.iso

从2018年4月起，发布了最新的稳定版，Ubuntu 18.04 LTS，支持到2023年。推荐使用此版本。

Download the latest LTS version of Ubuntu, for desktop PCs and laptops.
LTS stands for long-term support — which means five years, until April 2023,
of free security and maintenance updates, guaranteed.

3. 虚拟机下载

VMbox 下载官网：https://www.virtualbox.org/
VMware pro下载专业稳定版：http://dl.pconline.com.cn/download/1120703-1.html

VMware Workstation 注册码，测试有效

VMware Workstation v12 for Windows
5A02H-AU243-TZJ49-GTC7K-3C61N
VF5XA-FNDDJ-085GZ-4NXZ9-N20E6
UC5MR-8NE16-H81WY-R7QGV-QG2D8
ZG1WH-ATY96-H80QP-X7PEX-Y30V4
AA3E0-0VDE1-0893Z-KGZ59-QGAVF

4. VMbox安装ubuntu-18.04 桌面版

系统按安装第一环节

1. 名称与系统版本一致，方便版本管理

2. 内存为2G，过大会对windows使用时出现卡顿。

3. 创建空白磁盘

4. 选择镜像文件类型

5. 动态分配，节省windows上的硬盘空间

6. 建议使用500GB，至少200GB，满足日后16S、转录组分析。对于基因组分析，建议在2T。

7. 系统初步设置完成，还需进一步设置。

8. 启动宿主机与虚拟机双向复制功能

9. 开启网络

10. 启动录像，会增加计算机运算，日后才启动，方便日后视频制作，调节为最高分辨率，和启动录音。

11.输入已经下载的ubunt镜像

12. 设置共享文件夹

13. 其他配置选择，日后有需要才进行调整。点击启动

出现报错，VMware 不能为虚拟电脑 ubuntu-18.04 打开一个新任务.

不能为虚拟电脑 ubuntu-18.04 打开一个新任务.The VM session was aborted.返回 代码: E_FAIL (0x80004005)
组件: SessionMachine
界面: ISession {7844aa05-b02e-4cdd-a04f-ade4a762e6b7}

14 .可能是驱动问题，点击取消声音驱动，再次启动，成功

进入系统安装第二环节

1. 点击优点的安装，建议默认安装语言为默认，English。基于生信要熟悉英语环境，第二，后续英语环境，软件运行才稳定，否则中文环境容易报错。

2. 默认安装键盘类型，英语，方便日后打命令行

3. 打勾，安装第三方软件，相当于整个iso的内容进行安装

4. 在不熟悉硬盘分区知识的情况下，直接选择安装空白磁盘，选择继续，方便快捷。日后，系统安装多了，才进行分区。分区有助于系统发生故障的时候进行恢复，备份。个别区埙坏，不会影响其他区。

5.时区，选中国上海。时间同步也很重要，否则有可能导致软件出错。

6. 设置用户名，主机名，密码。建议用户名和主机名，尽量短，因为日后会显示在命令行上，占地方。同时名称不要设置与系统常见的单词相同，以免混淆，影响报错时排错。

7. 安装进行中，需要安装147项，大概30min。

8. 安装完成。安装完成后需要进一步进行配置。

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系统按安装第一环节

1. 名称与系统版本一致，方便版本管理

2. 内存为2G，过大会对windows使用时出现卡顿。

3. 创建空白磁盘

4. 选择镜像文件类型

5. 动态分配，节省windows上的硬盘空间

6. 建议使用500GB，至少200GB，满足日后16S、转录组分析。对于基因组分析，建议在2T。

7. 系统初步设置完成，还需进一步设置。

8. 启动宿主机与虚拟机双向复制功能

9. 开启网络

10. 启动录像，会增加计算机运算，日后才启动，方便日后视频制作，调节为最高分辨率，和启动录音。

11.输入已经下载的ubunt镜像

12. 设置共享文件夹

13. 其他配置选择，日后有需要才进行调整。点击启动

14 .可能是驱动问题，点击取消声音驱动，再次启动，成功

进入系统安装第二环节

1. 点击优点的安装，建议默认安装语言为默认，English。基于生信要熟悉英语环境，第二，后续英语环境，软件运行才稳定，否则中文环境容易报错。

2. 默认安装键盘类型，英语，方便日后打命令行

3. 打勾，安装第三方软件，相当于整个iso的内容进行安装

4. 在不熟悉硬盘分区知识的情况下，直接选择安装空白磁盘，选择继续，方便快捷。日后，系统安装多了，才进行分区。分区有助于系统发生故障的时候进行恢复，备份。个别区埙坏，不会影响其他区。

5.时区，选中国上海。时间同步也很重要，否则有可能导致软件出错。

6. 设置用户名，主机名，密码。建议用户名和主机名，尽量短，因为日后会显示在命令行上，占地方。同时名称不要设置与系统常见的单词相同，以免混淆，影响报错时排错。

7. 安装进行中，需要安装147项，大概30min。

8. 安装完成。安装完成后需要进一步进行配置。

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5. 动态分配，节省windows上的硬盘空间

6. 建议使用500GB，至少200GB，满足日后16S、转录组分析。对于基因组分析，建议在2T。

7. 系统初步设置完成，还需进一步设置。

8. 启动宿主机与虚拟机双向复制功能

9. 开启网络

10. 启动录像，会增加计算机运算，日后才启动，方便日后视频制作，调节为最高分辨率，和启动录音。

11.输入已经下载的ubunt镜像

12. 设置共享文件夹

13. 其他配置选择，日后有需要才进行调整。点击启动

14 .可能是驱动问题，点击取消声音驱动，再次启动，成功

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1. 点击优点的 安装，建议默认安装语言为默认，English。基于生信要熟悉英语环境，第二，后续英语环境，软件运行才稳定，否则中文环境容易报错。

2. 默认安装键盘类型，英语，方便日后打命令行

3. 打勾，安装第三方软件，相当于整个iso的内容进行安装

4. 在不熟悉硬盘分区知识的情况下，直接选择安装空白磁盘，选择继续，方便快捷。日后，系统安装多了，才进行分区。分区有助于系统发生故障的时候进行恢复，备份。个别区埙坏，不会影响其他区。

5.时区，选中国上海。时间同步也很重要，否则有可能导致软件出错。

6. 设置用户名，主机名，密码。建议用户名和主机名，尽量短，因为日后会显示在命令行上，占地方。同时名称不要设置与系统常见的单词相同，以免混淆，影响报错时排错。

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