1. 研究实例

在评价某临床新药耐受性及安全性的2a期临床试验中，对符合纳入标准的30名健康自愿者随机分为3组，每组10名。各组注射剂量分别为0.5U、1U、2U，观察48小时部分凝血活酶时间(s)，试问不同剂量的部分凝血活酶时间有无不同？数据库见time48.sav(SPSS格式)

2. 数据导入和基本分析

#加载必要的包

library(foreign) # 第1篇介绍

library(nortest) # 第1篇介绍

library(CBCgrps) # 第2篇介绍

library(tidyverse) # 第1篇介绍

library(car)  #用于方差齐性检验

#导入数据

e4=read.spss("time48.sav")  #读取数据集

e4

# 浏览数据变量结构

str(e4)

#利用函数整体进行快速统计描述

fun1

median

mean

IQR

sd

y5

return(y5)

}

fun1(e4$time,e4$group)

# 此处也可以利用dplyr函数进行

#进行两组数据的正态性检验

tt

#绘制箱式图来看看看数据的变异程度

boxplot(time~group,data=e4)

4. 方差分析

用于多个试验组与一个对照组间的比较。R语言中可利用multcomp包中的glht()函数进行包括

方差齐性检验

leveneTest(time~group,data=e4)# spss采用方法，推荐

# 方差分析

fit

summary(fit)

# 方差不齐时的welch检验

oneway.test(time ~ group, data =e4, var.equal = F)

5. 多重比较

R语言可以进行多种多重比较方法。不过，部分多重比较方法并不如SPSS友好，两两比较的P往往不提供。(1)LSD法LSD法在R语言中可利用agricolae包中的LSD.test函数实现，其调用格式为：LSD.test(y, trt, DFerror, MSerror, alpha = 0.05, p.adj=c("none","holm","hommel", "hochberg", "bonferroni", "BH", "BY", "fdr"), …)其中y为方差分析对象，trt为要进行多重比较的分组变量，p.adj可以选定P值矫正方法。当p.adj=”none”时，为LSD法，p.adj="bonferroni"时为Bonferroni法。library(agricolae)out summary(out) #展示所有结果out$group#多重比较的关键结果运行结果并不提供P值，只提供归类结果，具有相同英文字母者表示没有统计学差异。本案例分析结果显示：1 单位剂量与2单位剂量存在着统计学差异，1单位和0.5单位剂量存在着统计学差异，0.5 单位剂量与2单位剂量存在无统计学差异。(2) Bonferroni法它是Bonferroni校正在LSD法上的应用。将LSD.test中p.adj设置为"bonferroni"即为Bonferroni法。out summary(out)out$group#结果显示运行结果与LSD法类似，不再展示。(3)Dunnett检验用于多个试验组与一个对照组间的比较。R语言中可利用multcomp包中的glht()函数进行包括Dunnett检验在内的多种检验，其调用格式为：glht(model, linfct, alternative = c("two.sided", "less", "greater"), ...)其中model为方差分析对象，linfct设置要进行多重比较的分组变量和方法。library(multcomp)out summary(out)程序运行结果：(4)SNK法(Student-Newman-Keuls)实质上是根据预先制定的准则将各组均数分为多个子集, 利用Studentized Range分布来进行假设检验。SNK法可用agricolae包中的SNK.test()函数实现，其调用格式为：SNK.test(y, trt, alpha = 0.05, …)其中y为方差分析对象，trt为要进行多重比较的分组变量library(agricolae)out out$group#结果显示程序运行结果与LSD.test类似。(5)Turkey检验使用学生化的范围统计量进行组间所有成对比较。Tukey的检验特点：所有各组的样本数相等；各组样本均数之间的全面比较；可能产生较多的假阴性结论。R中Turkey检验检验的函数为TukeyHSD(model)，其调用格式为：TukeyHSD(model)其中model为方差分析对象tuk=TukeyHSD(fit)tukplot(tuk)程序运行结果：(6)Duncan法(新复极差法)(SSR)指定一系列的“range”值，逐步进行计算比较得出结论。Duncan法可用agricolae包中的duncan.test()函数实现，其调用格式为：duncan.test(y, trt, …)其中y为方差分析对象，trt为要进行多重比较的分组变量(7)Scheffe检验Scheffe法为均值的所有可能的成对组合执行并发的联合成对比较。使用F取样分布。可用来检查组均值的所有可能的线性组合，而非仅限于成对组合。Scheffe检验特点：各组样本数相等或不等均可以，但是以各组样本数不相等使用较多；如果比较的次数明显地大于均数的个数时，Scheffe法的检验功效可能优于Bonferroni法Scheffe法可用agricolae包中的scheffe.test()函数实现，其调用格式为：scheffe.test(y, trt, …)其中y为方差分析对象，trt为要进行多重比较的分组变量医学研究R语言应用系列(点击即可学习)0. R语言基础课程：30天学会R语言1.正态性检验与判断(R教程，SPSS教程)2.CBCgrps包的妙用3.两样本t检验(R教程，SPSS教程)4.两样本秩和检验(R教程，SPSS教程)“R语言教程”系列课程“”推出SPSS教程的姊妹课程，针对同样的数据，开展统计分析。相关R代码可关注公众号，发送关键词“SPSS”至公众号，即可获得免费下载。

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