R 语言多模型QQ plot

多模型QQ plot结果绘制到一张图里。

绘图

我们利用R语言ggplot包绘制qqplot，所有命令都整合到一个脚本中了。命令运行示例：

Rscript qq_plot_group.r -i H.pvalue.txt -n H.qq -o ./ -T H

-i：跟输入文件，使用GWAS分析结果文件。文件需包含3列，列之间用Tab键分隔，第一二列为snp所在的染色体及位置信息，第三列为snp的pvalue值，第四列为使用的模型名称。如下图所示：

-n：设置输出文件名称。

-o：设置输出目录。

-T：设置图片title。

生成图片如下：

此外，可以对点的大小和形状进行设置：

Rscript qq_plot_group.r -i H.pvalue.txt -n H.qq -o ./ -T H -P 2 -S 21

-P：设置点大小。

-S：设置点的形状（取值范围：0-25），具体参考https://www.omicsclass.com/article/475。

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